מֵידָע

כיצד להוריד סוגים שונים של נתונים מ-NCBI eutils?

כיצד להוריד סוגים שונים של נתונים מ-NCBI eutils?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

אני חוקרת NCBI eutils ואני רוצה לקבל כמה 'ביג דאטה' ממנו. אני יודע שאני יכול לבנות שאילתות כדי לבצע שאילתות באחד מ-8 מסדי נתונים (לדעתי), כמו זה:

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/einfo.fcgi?db=nucleotide&id=2765657

שמחפשת את מסד הנתונים של נוקלאוטידים עבור מזהה 2765657.

אני מחפש שאילתה שתחזור:

  1. רצפים גנטיים.

  2. הערות פונקציונליות של הרצפים (למשל אקסונים, אינטרונים)

  3. מטא נתונים (למשל כרומוזום)

האם מישהו יוכל להראות דוגמה כיצד לחפש ב-eutils כדי לקבל דוגמאות של רשומות כמתואר לעיל?

הייתי צריך לדעת:

  1. באיזה מסד נתונים לחפש?
  2. כיצד לרשום רשומות זמינות?
  3. כיצד לבקש מדגם של הרשומות?

כל עזרה תתקבל בברכה.

הרבה תודות.


הורדת כל זה באמצעות חיפוש E-utils תהיה מסורבלת מכיוון שתצטרך לחפש מול מסדי נתונים מרובים. לצרכים הספציפיים שלך, קובץ GTF/GFF3 יהיה טוב. בעיקרון, לקובץ GTF/GFF יש הערות גנום (מיקומי תכונות) וכולל תכונות כמו אקסונים, CDS ובמקרים מסוימים אפילו קודונים מיוחדים (כגון זה של סלנוציסטאין). לקובץ הזה לא יהיו הרצפים, אבל אתה יכול לאחזר את הרצפים מקובץ ה-fasta של רצף הגנום המתאים באמצעות הקואורדינטות המתוארות בקובץ GTF. ישנם מספר כלי תוכנה שיכולים לעשות זאת; למשל gffread ו-bedtools-getfasta (אתה יכול אפילו לכתוב תסריט משלך וזה לא יהיה קשה במיוחד).

אתה יכול להוריד את ה- GTF והקבצים המתאימים של הגנום fasta ממקורות אלה:

  • ENSEMBL (אורגניזמים רבים)
  • NCBI-RefSeq (אורגניזמים רבים)
  • דפדפן הגנום של UCSC (אורגניזמים רבים)
  • GENCODE (עבור אדם ועכבר) ו-modENCODE (עבור תולעי Caenorhabditis ו-Drosophila)

כדאי להסתכל על הפרטים של מכלול הגנום. מהדורות/מקורות שונים עשויים להיות בעלי היקפים שונים של אוצרות.


גישה למאגרי המידע של NCBI Entrez¶

Entrez (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Search/entrezfs.html) היא מערכת לאחזור נתונים המספקת למשתמשים גישה לבסיסי הנתונים של NCBI כגון PubMed, GenBank, GEO ועוד רבים אחרים. אתה יכול לגשת לאנטרז מדפדפן אינטרנט כדי להזין שאילתות באופן ידני, או שאתה יכול להשתמש במודול Bio.Entrez של Biopython לגישה פרוגרמטית לאנטרז. האחרון מאפשר לך למשל לחפש ב-PubMed או להוריד רשומות GenBank מתוך סקריפט של Python.

מודול Bio.Entrez עושה שימוש ב-Entrez Programming Utilities (הידוע גם בשם EUtils), המורכב משמונה כלים המתוארים בפירוט בעמוד של NCBI בכתובת https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25501/ . כל אחד מהכלים הללו מתאים לפונקציית Python אחת במודול Bio.Entrez, כמתואר בסעיפים שלהלן. מודול זה מוודא כי נעשה שימוש בכתובת ה-URL הנכונה עבור השאילתות, וכי לא תבוצע יותר מבקשה אחת כל שלוש שניות, כנדרש על ידי NCBI.

הפלט המוחזר על ידי Entrez Programming Utilities הוא בדרך כלל בפורמט XML. כדי לנתח פלט כזה, יש לך מספר אפשרויות:

  1. השתמש במנתח של Bio.Entrez כדי לנתח את פלט ה-XML לתוך אובייקט Python
  2. השתמש במנתח DOM (Document Object Model) בספרייה הסטנדרטית של Python
  3. השתמש במנתח SAX (Simple API for XML) בספרייה הסטנדרטית של Python
  4. קרא את פלט ה-XML כטקסט גולמי, ונתח אותו על ידי חיפוש ומניפולציה של מחרוזות.

למנתחי DOM ו-SAX, עיין בתיעוד של Python. הנתח ב-Bio.Entrez נדון להלן.

NCBI משתמש בקבצי DTD (Document Type Definition) כדי לתאר את מבנה המידע הכלול בקובצי XML. רוב קבצי ה-DTD המשמשים את NCBI כלולים בהפצת Biopython. מנתח Bio.Entrez עושה שימוש בקבצי DTD בעת ניתוח קובץ XML שהוחזר על ידי NCBI Entrez.

לפעמים, אתה עלול לגלות שקובץ DTD המשויך לקובץ XML ספציפי חסר בהפצת Biopython. בפרט, זה עלול לקרות כאשר NCBI מעדכן את קבצי ה-DTD שלו. אם זה קורה, Entrez.read יציג הודעת אזהרה עם השם והכתובת של קובץ ה-DTD החסר. המנתח ימשיך לגשת לקובץ DTD החסר דרך האינטרנט, מה שיאפשר לניתוח של קובץ ה-XML להמשיך. עם זאת, המנתח מהיר הרבה יותר אם קובץ DTD זמין באופן מקומי. למטרה זו, אנא הורד את קובץ ה-DTD מכתובת האתר בהודעת האזהרה והצב אותו בספרייה . site-packages/Bio/Entrez/DTDs, המכילים את קבצי ה-DTD האחרים. אם אין לך גישת כתיבה לספרייה זו, תוכל גם למקם את קובץ ה-DTD ב

מייצג את ספריית הבית שלך. מכיוון שספרייה זו נקראת לפני הספרייה. site-packages/Bio/Entrez/DTDs, אתה יכול גם לשים שם גרסאות חדשות יותר של קבצי DTD אם אלה ב-. חבילות אתר/Bio/Entrez/DTD מיושנות. לחלופין, אם התקנת את Biopython מהמקור, תוכל להוסיף את קובץ ה-DTD לספריית Bio/Entrez/DTDs של קוד המקור, ולהתקין מחדש את Biopython. פעולה זו תתקין את קובץ ה-DTD החדש במיקום הנכון יחד עם שאר קבצי ה-DTD.

כלי העזר לתכנות Entrez יכולים גם ליצור פלט בפורמטים אחרים, כגון פורמטים של קבצים Fasta או GenBank עבור מסדי נתונים של רצף, או פורמט MedLine עבור מסד הנתונים של הספרות, הנדון ב-Section Specialized Parsers.


כיוון עתידי

תוספות מוצעות לצ'אדו

אנו מאמינים ש-Chado יכולה להציע מודל לאחסון רשומות המאוחסנות על ידי NCBI. למרבה הצער, גילינו שכמה מושגים עשויים לדרוש שינויים בהגדרות טבלת צ'אדו. רשומה של אסיפה של NCBI או גנום, למשל, עשויה להיות תוצאה של סדרה של תוכניות נפרדות או ניתוחים שחוקר ביצע את תוצאותיהם שולבו כדי ליצור את מכלול הגנום הסופי. עם זאת, כפי שצוין קודם לכן, רשומת ניתוח בצ'אדו צריכה להיות במפורש ביצוע של תוכנית חישובית אחת. זה מרמז שעלינו ליצור רשומה ב- אָנָלִיזָה טבלה עבור כל תוכנית בודדת המופעלת בצנרת.

ישנן מספר אפשרויות לתקן את צ'אדו כך שיתאים בקלות למטא נתונים המתארים נתונים כאלה. ראשית, הרכבה, למשל, היא קבוצה של שלבים המבוצעים לפי הסדר. למרות שאינו אוטומטי, הוא מהווה פלט של 'זרימת עבודה' מדעית. ה אָנָלִיזָה לכן ניתן להרחיב את הגדרת הטבלה כך שתכלול זרימת עבודה מדעית. שנית, Chado יכול להציג טבלה חדשה שנועדה לתאר זרימות עבודה. הטבלה תיועד לאחסון צינורות אנליטיים מנוסחים ומקושרים, הפרמטרים שלהם, נתוני הקלט ונתוני הפלט. טבלה כזו יכולה להיות תואמת למודלים קיימים של נתונים ניסיוניים כגון ISA-commons (18) או COPO (https://copo-project.org/).

מבליעה ועד לייצוא

מאמר זה התמקד באספקת אמצעי נוח לייבוא ​​מטא נתונים מ-NCBI לתוך מסד נתונים של צ'אדו המתארח על ידי אתר טריפל. רבות מהתכונות ש-Tripal מציעה לחיפוש, ארגון ואונטולוגיזציה של מערכי נתונים מתאימות גם ליצוא נתונים ומטא נתונים בחזרה ל-NCBI. למסד נתונים של קהילת טריפל יש את האמצעים למבנה כבד של תהליך הגשת הנתונים והביאורים של משתמש הקצה, לארוז אותם ולהגיש אותם ל-NCBI. מודולים טריפליים עתידיים להגשת NCBI עשויים להקל על כך. לדוגמה, קהילה עשויה להסכים לדרוש סוגי נכסים מיוחדים וספציפיים לתחום עבור הגשות ה-BioSample שלה. התוצאה הסופית תהיה חווית משתמש יעילה אך עם דבקות טובה יותר, המתמחה בקהילה, לשיטות עבודה מומלצות של נתונים ומטא נתונים.

קיימות מודול

הגרסה הנוכחית של Tripal, גרסה 3.1, מבוססת על גירסה 7 של דרופל, שלא תהיה נתמכת לאחר נובמבר 2021. אנו צופים שפיתוח הליבה של Tripal ימשיך לקראת תמיכה בגירסת דרופל 8. Tripal 3.1 פותחה כדי להיות תואם קדימה עם דרופל 8 לכן אנו מצפים שעדכון מודול Tripal EUtils ל-Drupal 8 יהיה פשוט.


כיצד להוריד סוגים שונים של נתונים מ-NCBI eutils? - ביולוגיה

במהלך המגיפה, היה קריטי לעקוב בזמן אמת איפה נגיף הקורונה מתפשט בבית ומחוצה לו. אבל לעתים קרובות קשה לפקידי בריאות הציבור לדעת אם שינויים במספר המדווחים של מקרי COVID-19 לאורך זמן באמת משקפים את התפשטות הנגיף או שהם מבולבלים בשינויים […]

הכרזה על ביאור מחדש של מכלולי הגנום RefSeq עבור E. coli וארבעה מינים נוספים!

בישרנו מחדש את כל הגנומים של RefSeq עבור Escherichia coli, Mycobacterium tuberculosis, Bacillus subtilis, Acinetobacter pittii ו- Campylobacter jejuni באמצעות המהדורה העדכנית ביותר של PGAP. תגלו שלגנים נוספים יש כעת סמלי גנים (למשל recA). המשוב שלך הצביע על כך שהמחסור בסמלים היה מכשול לניתוח השוואתי, אז אנו מקווים ששיפור זה … המשך קריאה הכרזה על ביאור מחדש של מכלולי הגנום RefSeq עבור E. coli וארבעה מינים נוספים! →

רכיבי נתונים נפוצים: הגדלת שיתוף הנתונים FAIR

פוסט אורח מאת קרולינה מנדוזה-פוצ'יני, MD, קצינת תוכנית CDE, החטיבה למחקר קליני, המכון הלאומי להפרעות נוירולוגיות ושבץ מוחי (NINDS) וקנת ג'יי וילקינס, דוקטורט, סטטיסטיקאי מתמטי, תוכנית ביוסטטיסטיקה והמשרד לתמיכה במחקר קליני, משרד של המנהל, המכון הלאומי לסוכרת ומחלות עיכול וכליות (NIDDK) פוסטים קודמים שפורסמו ב-Musings … המשך קריאה "מרכיבי נתונים נפוצים: הגדלת שיתוף הנתונים FAIR"


ביופיתון

ל-Biopython יש אוסף גדול של תת-שגרות שעושות דברים שעלולים להיות שימושיים עם נתונים ביולוגיים. ביופיתון מתואר ב Biopython: כלי Python הזמינים באופן חופשי לביולוגיה מולקולרית חישובית וביואינפורמטיקה. ביואינפורמטיקה. 2009 יוני 125(11):1422-3. doi: 10.1093/ביואינפורמטיקה/btp163. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19304878?dopt=Abstract ויש לו תיאור מפורט ספר בישול והדרכה של ביופיתון http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html מתאר הרבה מהדברים שהוא עושה.

כדי שהדוגמאות האלה יעבדו, אתה צריך להיות מסוגל להפעיל את python מ-Bio import SeqIO מסביבת ה-python שלך ולא לקבל שגיאה. Biopython כלול בהפצת anaconda python עבור הפצת Canopy python, הוא זמין כמודול.

נראה + דוגמה כיצד לקבל נתונים מ-NCBI באמצעות EFETCH + דוגמאות כיצד Biopython עובר דרך נתוני FASTA, FASTQ ו-GENBANK והיכן הנתונים נמצאים בתוך האובייקטים המתקבלים + ניתן כמה תרגילים לביצוע דברים לרצפים אחד בכל פעם, כמו שליפת רצפים עם מזהה נתון או בחירה אוטומטית של גן אחד מגנום מוער.

קבל נתוני עזר–NCBI's EUTIS

השוואת רצפים היא לב ליבה של הביואינפורמטיקה כדי לבצע השוואות שימושיות, אתה צריך נתונים (רצפים) מולם תוכל להשוות את הרצפים החדשים והמרגשים שלך. NCBI מספק ממשק המאפשר הורדה אוטומטית של מוצרי נתונים שונים (רצף) באמצעות בקשות HTTP GET.

התיעוד עבור ממשק זה, הנקרא EUTILS, נמצא כאן: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/

כמעט כל דבר שאתה יכול לעשות באתר אינטרנט או במנוע חיפוש של NCBI יכול להיעשות באמצעות EUTILS – אחזור תקצירי פאבים, חיפוש ב-SRA עבור מערכי נתונים של NGS, חיפוש ושליפה של גנומים ייחוסים. כאן נתאר שליפת נתוני רצף (רצפי חלבון, רצפי גנום או גנומים עם הערות) באמצעות efetch. שגרות אחרות מתוארות ב- Eutils.md.

ל-Biopython יש תתי שגרות שלוקחות את האפשרויות והפרמטרים של EFETCH ומחזירות אובייקטים של פיתון. זה חוסך מאיתנו את הצורך לכתוב קוד שמדבר ישירות עם ה-EFETCH API של NCBI, ומשחרר אותנו לבלות את זמננו במקום אחר.
אנחנו רק צריכים לגלות איך להשתמש בתתי השגרות האלה.

retrievegbk.py מכיל דוגמה לשימוש בשיטת Entrez.efetch biopython כדי לאחזר רשומות genbank על ידי ציון מספר ההצטרפות שלהם.

```python #!/usr/bin/env python '''זו דוגמה של Entrez.efetch. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/#פרק4_EFetch '''

accessionno = "NC_012920" # זהו רצף ההתייחסות של המיטוכונדריה האנושית Entrez.email = [email protected] # ספר תמיד ל-NCBI מי אתה. ותקן את SytnaxError. Entrez.tool = "SoftwareCarpentryBootcamp" assert Entrez.email != אין # בדוק שסיפרת ל-NCBI מי אתה לפני שתמשיך


1 תשובה 1

ישנם שני סוגי נתונים שאתה יכול לקבל מ-GTEx. הראשון הוא סטטיסטיקת סיכום, בעצם השיפועים וערכי ה-p שאתה רואה בתרשים הקופסה. אתה יכול גם לקבל רמות ביטוי עבור כל הגנים הנמדדים ב-GTEx.

עם זאת, על מנת לשרטט תרשים קופסא בעצמך, אתה צריך גם נתוני גנוטיפ. זה לא זמין לציבור בגלל בעיות פרטיות. כדי לקבל אותו, עליך להגיש בקשה אליו ב-dbGaP. אני חושב שאתה יכול למצוא מידע רלוונטי באתר GTEx.


CytoHubba: זיהוי אובייקטי רכזת ותתי רשתות מאינטראקטום מורכב

רקע כללי: רשת היא דרך שימושית להצגת סוגים רבים של נתונים ביולוגיים, כולל אינטראקציות חלבון-חלבון, תקנות גנים, מסלולים תאיים והעברות אותות. אנו יכולים למדוד צמתים לפי תכונות הרשת שלהם כדי להסיק את חשיבותם ברשת, וזה יכול לעזור לנו לזהות אלמנטים מרכזיים של רשתות ביולוגיות.

תוצאות: אנו מציגים תוסף Cytoscape חדש CytoHubba לדירוג צמתים ברשת לפי תכונות הרשת שלהם. CytoHubba מספקת 11 שיטות ניתוח טופולוגיות כולל תואר, Edge Percolated Component, Maximum Neighborhood Component, צפיפות של רכיב שכונה מקסימלי, מקסימום מרכזיות קליקים ושש מרכזיות (צוואר בקבוק, אקצנטריות, קרבה, רדיאליות, בין ומתח) המבוססות על הנתיבים הקצרים ביותר. בין אחת עשרה השיטות, לשיטה החדשה המוצעת, MCC, יש ביצועים טובים יותר בדיוק של חיזוי חלבונים חיוניים מרשת PPI שמרים.

מסקנות: CytoHubba מספקת ממשק ידידותי למשתמש לחקור צמתים חשובים ברשתות ביולוגיות. זה מחשב את כל אחת עשרה השיטות בצורה אחת של קניות. חוץ מזה, חוקרים מסוגלים לשלב את cytoHubba עם ותוספים אחרים לתוכנית ניתוח חדשה. הרשת ותתי הרשתות שנתפסו על ידי אסטרטגיית ניתוח טופולוגי זו יובילו לתובנות חדשות על רשתות רגולטוריות חיוניות ויעדי תרופות חלבון עבור ביולוגים ניסויים. על פי נתונים סטטיסטיים של הורדת תוסף cytoscape, המספר המצטבר של cytoHubba הוא בערך פי 6,700 מאז 2010.


3 דוגמאות

הפונקציונליות המכוסה בסעיף זה מכוסה ביתר פירוט ב- DBI ו RSQLite תיעוד חבילה. אנחנו מכסים מספיק כאן רק כדי להיות שימושיים.

שוב, אנחנו מתחברים למסד הנתונים.

הפונקציה dbListTables מפרטת את כל הטבלאות במסד הנתונים של SQLite המטופלים על ידי אובייקט החיבור con.

יש גם את הפונקציה dbListFields שיכולה לרשום שדות מסד נתונים המשויכים לטבלה.

לפעמים זה שימושי לקבל את סכימת SQL בפועל המשויכת לטבלה. כאן, אנו מקבלים את סכימת הטבלה עבור טבלת gpl.


מסד הנתונים של STRING בשנת 2017: רשתות איגודי חלבון-חלבון מבוקרות איכות, נגישות באופן נרחב

הבנה מערכתית של תפקוד תאי דורשת ידע על כל האינטראקציות התפקודיות בין החלבונים המובעים. מסד הנתונים של STRING שואף לאסוף ולשלב מידע זה, על ידי איחוד נתונים ידועים וחזויים של קשר חלבון-חלבון עבור מספר רב של אורגניזמים. האסוציאציות ב-STRING כוללות אינטראקציות ישירות (פיזיות), כמו גם אינטראקציות עקיפות (פונקציונליות), כל עוד שתיהן ספציפיות ובעלות משמעות ביולוגית. מלבד איסוף והערכה מחדש של נתונים ניסויים זמינים על אינטראקציות חלבון-חלבון, וייבוא ​​מסלולים ומתחמי חלבון ידועים ממאגרי מידע מאוצרים, תחזיות אינטראקציה נגזרים מהמקורות הבאים: (i) ניתוח ביטוי משותף שיטתי, (ii) זיהוי של סלקטיבי משותף אותות על פני גנומים, (iii) כריית טקסט אוטומטית של הספרות המדעית ו-(iv) העברה חישובית של ידע אינטראקציה בין אורגניזמים המבוססת על אורתולוגיה של גנים. בגרסה העדכנית ביותר 10.5 של STRING, השינויים הגדולים ביותר עוסקים בהפצת נתונים: חזית האינטרנט עוצבה מחדש לחלוטין כדי להפחית את התלות בטכנולוגיות דפדפן מיושנות, וכעת ניתן לבצע שאילתות במסד הנתונים גם מתוך מסגרת תוכנת Cytoscape הפופולרית. שיפורים נוספים כוללים ניתוח רקע אוטומטי של קלט המשתמש להעשרה פונקציונלית ואפשרויות הורדה יעילות. המשאב STRING זמין באינטרנט, בכתובת http://string-db.org/.

© המחבר(ים) 2016. פורסם על ידי הוצאת אוניברסיטת אוקספורד מטעם מחקר חומצות גרעין.

דמויות

ניתוח רשת והעשרה. מְשׁוּלָב…

ניתוח רשת והעשרה. צילומי מסך משולבים מאתר STRING, המציגים תוצאות שהושגו...

הדמיית רשת של STRING בתוך Cytoscape.…

הדמיית רשת של STRING בתוך Cytoscape. באמצעות אפליקציית Cytoscape STRING, רשת הייתה...


שאלות נפוצות חדשות ב-PubMed Transition

כן. בדיוק כפי שהאתר הוותיק קיבל עדכונים במהלך כהונתו, ה-PubMed החדש ימשיך להתפתח בטווח הקצר והארוך כאחד. NLM מחויבת להמשך פיתוח PubMed, ומבטיחה ש-PubMed תישאר מקור מהימן ונגיש לספרות ביו-רפואית היום ובעתיד.
 

האם PubMed מדור קודם עדיין זמין?

אתר PubMed הישן הוצא משימוש החל מנובמבר 2020 ואינו זמין עוד לשימוש.

האם החיפושים והאוספים השמורים שלי ימשיכו לעבוד ב-PubMed החדש?

כן. אוספים וחיפושים שמורים מאוחסנים בחשבון My NCBI שלך וימשיכו להיות זמינים באתר החדש -- גם אם הם נוצרו במקור ב-PubMed מדור קודם.  

האם קישורים לאתר הישן עדיין עובדים?

קישורים לאתר מדור קודם הופנו לאתר החדש. ההפניות מחדש הן מתמשכות, כך שקישורים ישנים לא "inbrow" -- הם ימשיכו ללכת לאתר החדש כעת כשהוא ברירת המחדל.
 

היכן אוכל לקבל עזרה בשימוש באתר החדש?

  • המדריך למשתמש של PubMed כולל שאלות נפוצות ותיעוד עבור האתר החדש.
  • הדרכה מקוונת של PubMed של NLM כוללת הדרכות, סיורים מהירים והדרכה אחרת.  מציעה חפיסות שקופיות, סיורים מהירים וחומרי הדרכה אחרים.
  • השתמש בקישור "עזרה" בתחתית כל עמוד כדי לחפש ב Knowledge Base או כדי לכתוב לדלפק העזרה.
  • הרשת של הספרייה הלאומית לרפואה (NNLM) מציעה הכשרה ומשאבים אחרים בחינם. התחבר לספרייה הרפואית האזורית שלך או עיין בהזדמנויות הכשרה של NNLM.

האם עלי להיכנס כדי לכתוב לדלפק העזרה?

לעולם לא תצטרך להיכנס כדי לכתוב לדלפק העזרה. אנא לחץ על הקישור 'עזרה' בתחתית כל דף ב-PubMed. כשתקליד בשדה 'נושא', ייתכן שתראה רשימה של מאמרי מאגר ידע מוצעים. אנא גלול מעבר להצעות אלה כדי לראות את שאר טופס דלפק העזרה.
 

למה PubMed מתעדכן?

ה-PubMed החדש נבנה מחדש לחלוטין על פלטפורמה טכנולוגית חדשה. זה חשוב עבור הקיימות העתידית ומדרגיות של PubMed ומשאבי NCBI אחרים.

בעוד שרבים מהעדכונים הטכנולוגיים נמצאים "מאחורי הקלעים", אחד השיפורים הבולטים ביותר הוא העיצוב הרספונסיבי של האתר החדש. עיצוב רספונסיבי אומר שניתן להשתמש באתר בכל מכשיר - נייד, שולחני או טאבלט - עם אותן תכונות ופונקציונליות. בעבר, רק גרסה בסיסית מאוד של PubMed הייתה זמינה בנייד. 

לפרטים נוספים על הטכנולוגיה ועל עדכונים אחרים, עיין במאמר ה-NLM Technical Bulletin: PubMed מעודכן בדרך
 

מדוע מספר התוצאות שונה?

ה-PubMed החדש נבנה מחדש לחלוטין עם טכנולוגיה מעודכנת. מאחר וה-PubMed החדשות הן שתי מערכות נפרדות, ספירת הציטוטים לא תמיד תואמת. הוספה לאינדקס מתבצעת בזמנים שונים עבור כל מערכת, כך שהוספות, מחיקות (למשל, הסרת כפילויות) או עדכונים לרשומות לא ייכנסו לתוקף בו-זמנית בשני המקומות. 

בנוסף, ישנם כמה שינויים בתחביר החיפוש ובתרגומי חיפוש עבור PubMed החדש שעשויים להשפיע על מספר תוצאות החיפוש. לדוגמה:

מיפוי מונחים אוטומטי הוגדל כדי לכלול איות בריטי ואמריקאי נוספים, צורות מילים ביחיד ורבים ומילים נרדפות אחרות כדי לספק אחזור חיפוש עקבי ומקיף יותר. כדי לראות כיצד PubMed תרגמה את השאילתה שלך, ראה את פרטי החיפוש הכלולים בהיסטוריה ובפרטי חיפוש בדף החיפוש המתקדם. כדי להגביל את החיפוש למונח המקורי בלבד, הוסף את המונח במירכאות כפולות כדי להשבית מיפוי מונחים אוטומטי, למשל, "צבע". 

מונחים קטועים אינם מוגבלים עוד ל-600 הווריאציות הראשונות של מונח. זה יגדיל את האחזור במקרים של מונח קטוע עם יותר מ-600 וריאציות. חיפוש עם תווים כלליים זמין רק עבור 4 תווים או יותר. השתמש במילת שורש של לפחות 4 תווים כדי לחפש את כל הסיומות.

חיתוך כבר לא גורם לחיפוש ביטוי. לדוגמה, ב-PubMed מדור קודם: breast feed* יגרום לחיפוש ביטויים. כדי לחפש ביטוי הכולל מונח קטוע ב-PubMed החדש, השתמש בפורמטים הבאים:

  • צירוף את הביטוי במירכאות כפולות: " breast feed*"
  • השתמש בתג חיפוש: breast feed*[tiab]
  • השתמש במקף: הנקה* 

המונח הקטוע חייב להיות המילה האחרונה בביטוי.
 

אני לא רואה יותר את התווית [אינדקס עבור MEDLINE]--איך אוכל לדעת אם ציטוט מובא באינדקס עבור MEDLINE?

ציטוטים שנוספו לאינדקס עבור MEDLINE כוללים מונחי MeSH בתצוגה המופשטת.

כדי להגביל את החיפוש שלך לציטוטי MEDLINE בלבד, הוסף את medline[sb] לחיפוש שלך. עם זאת, זה לא מומלץ בדרך כלל מכיוון שהוא לא יכלול ציטוטים רלוונטיים, כגון:

  • ציטוטים חדשים שעדיין לא השלימו את תהליך האינדקס של MEDLINE 
  • מאמרי מחקר במימון NIH זמינים ב PubMed Central
  • ציטוטים מכתבי עת המשתתפים ב-PubMed Central

האם אוכל לשנות את סדר המיון המוגדר כברירת מחדל?

הציטוטים מוצגים בתחילה 10 פריטים בעמוד וממוינים לפי Best Match. ניתן להתאים העדפות תצוגה כגון סדר מיון ופריטים לכל עמוד באמצעות כפתור "אפשרויות תצוגה".

העדפות אלה מאוחסנות בנתוני הדפדפן ובקובצי ה-cookie שלך, כך שהבחירות החדשות שלך יהיו פעילות עבור חיפושים הבאים עד לניקוי נתוני הדפדפן וקובצי ה-cookie (הערה: פורמט התצוגה מוגדר כברירת מחדל לסיכום עבור כל חיפוש חדש).
 

למה אני לא יכול לבחור MeSH מתפריט נפתח ליד שורת החיפוש?

ה-PubMed החדש נבנה באמצעות טכנולוגיה חדשה ופועל על פלטפורמה אחרת בגלל זה, לא ניתן ליישם את תפריט מסד הנתונים הנפתח של NCBI עבור שורת החיפוש. 

ניווט לבסיסי נתונים אחרים כגון MeSH עשוי להיות משהו שיתעדכן בעתיד. בינתיים, אם נעשה שימוש תכוף במסד הנתונים של MeSH, אנא צור סימניה ל https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/ לגישה נוחה. 

בנוסף, אנו מציעים להזין מונחי חיפוש ללא תגי חיפוש לאחזור המקיף ביותר. שימוש בתגי MeSH יגביל את התוצאות לציטוטים שהשלימו את הוספה לאינדקס של MEDLINE, וייתכן שישמטת התוכן העדכני ביותר. מונחים לא מתויגים עדיין ימופו ל-MeSH, וילכוד גם ציטוטים עם אותם מונחים שעדיין ממתינים לאינדקס.
 

האם העדפות תצוגה שנשמרו ב-My NCBI עובדות באתר החדש?

אינטגרציה עם My NCBI ו-PubMed החדש היא עבודה בתהליך. העדפות ההדגשה שלי ב-NCBI יוצגו ב-PubMed החדש כאשר אתה מחובר לחשבון My NCBI שלך.  

העדפות תצוגה אחרות כגון סדר מיון ופריטים לכל עמוד ניתנות להתאמה באמצעות כפתור "אפשרויות תצוגה". העדפות אלה מאוחסנות בנתוני הדפדפן ובקובצי Cookie, כך שהבחירות החדשות שלך יהיו פעילות עבור חיפושים הבאים עד לניקוי נתוני הדפדפן וקובצי ה-cookie (הערה: פורמט התצוגה מוגדר כברירת מחדל לסיכום עבור כל חיפוש חדש).

מדוע פורמט RIS אינו אפשרות בתפריט שמור?

בהתבסס על משוב מהמשתמשים שלנו, שחזרנו את פורמט MEDLINE מדור קודם (שנקרא כעת פורמט PubMed באתר החדש) עבור Save and Cite, והסרנו את הורדת פורמט RIS.

בזמן הקצר שהצענו את פורמט ה-RIS ב-PubMed החדש, שמענו ממספר משתמשים שביקשו שינויים נרחבים, שכן נראה כי RIS משמש בדרכים שונות על ידי משאבים חיצוניים שונים. לדוגמה, ל-RIS יש מספר שדות לכותרת היומן, וקיבלנו משוב סותר לגבי אילו שדות להשתמש ואילו נתונים לספק בשדות אלה. 

בשלב זה, לא ניתן לשמור על מספר פורמטים לאותה מטרה של ייצוא למנהל ציטוטים. בהתבסס על משוב המשתמש שאספנו, אנו משחזרים את פורמט תג השדה הישן של MEDLINE, ששמו שונה לפורמט PubMed, כדי לענות על צורכי המשתמשים עבור רשומת PubMed המלאה וכן קובץ שניתן להשתמש בו עם תוכנה חיצונית לניהול ציטוטים.&# 160
 

האם אוכל להוריד XML מאתר PubMed?

אנו לא צופים הוספת XML לממשק האינטרנט החדש של PubMed. נתוני PubMed זמינים בפורמט XML דרך ממשקי ה-API של E-utilities שלנו (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25497/) ותוכנית הפצת הנתונים שלנו (https://pubmed.ncbi.nlm. nih.gov/help/#download-pubmed-data).

RESTful API חדש יפותח עבור PubMed אולם, עדיין אין לנו ציר זמן לשתף לגבי העדכון. אנא הירשם לרשימת התפוצה של הודעות שירות אלקטרוני: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mailman/listinfo/utilities-announce/
 

היכן אוכל ללמוד על עדכונים ב-PubMed?

אנא הירשם ל-PubMed New and Reworthy וצפה בעלון הטכני של NLM לקבלת עדכונים והכרזות.

מאמרים קודמים ב-Technical Bulletin על PubMed החדש כוללים: