מֵידָע

קביעה בפועל של רצף ה-DNA בגישת רובה הציד?

קביעה בפועל של רצף ה-DNA בגישת רובה הציד?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

אני לומד ביואינפורמטיקה ואני מבולבל מרצף רובי ציד. ברצף סנגר אנו מפרקים את ה-DNA ומשתמשים ב-ddNTPs על מנת לקבוע את המיקום המדויק של כל נוקלאוטיד. איך בדיוק רצף רובה ציד עוזר לנו לקבוע את מבנה הרצף?

אם אנו מפרקים את הרצף באופן אקראי ואז מחברים אותו בחזרה על ידי התבוננות בחלקים החופפים, איך זה אומר לנו באיזה סדר נמצאים הנוקלאוטידים? איך בדיוק קוראים את הנוקלאוטידים כך שרצף רובה ציד עוזר לנו?


נראה שהשאלה מבלבלת את שיטה של זיהוי וקביעת סדר הבסיסים בקטע של DNA - רצף סנגר*, מקסאם-גילברט או שיטות 'הדור הבא' מודרניות יותר - עם אִסטרָטֶגִיָה לבחירת פרגמנטים לניתוח והרכבה מחדש לתוך הרצף הרציף הגדול יותר ממנו הם נגזרו, שרצף רובי הציד הוא אחד ממנו.

רצף רובה ציד הוא אִסטרָטֶגִיָה שבהם בחירת הפרגמנטים לרצף היא אקראית, שיטת הרצף היא עניין של בחירה (לעיתים קרובות זו הייתה שיטת Sanger כשפותחה לראשונה), וההרכבה נעשית על ידי תוכנות מחשב המזהות מתיחות תואמות. (זה נכשל - או לא מוצלח לחלוטין - אם במקרה הרסיסים לא מכסים את כל ה-DNA בחפיפות מתאימות או שיש סוגים מסוימים של אזורים חוזרים.)

יש להבדיל בין רצף רובה ציד למה שאפשר לכנות רצף מסודר אסטרטגיות שבהן מתחילים בדרך כלל עם מפת הגבלה של כל ה-DNA ובתחילה בוחר פרגמנטים ספציפיים לשבט ולרצף (בכל שיטה שנראית הכי טובה). על בסיס הרצף של הפרגמנט ניתן לבחור לרצף הלאה ממיקום בתוך הפרגמנט שכבר רצף, והליך זה חזר על עצמו. כאן אין שלב ההרכבה הנראה לעין, שכן זה טבוע בבחירת הפרגמנטים לרצף. (זה הרבה יותר איטי מרצף רובה ציד, ולא ניתן לעשותו אוטומטי כך שזה הרבה יותר יקר. עם זאת, זה מדויק יותר).

קודה

חלק מהבלבול עשוי לנבוע מהעובדה ששיטות אוטומטיות מודרניות לריצוף גנומים נועדו לעבוד על תערובת של קטעים לא משובטים רבים של DNA, כך שמטבע הדברים כרוכים באסטרטגיית רצף רובה ציד. הם נוטים להשתמש בטכנולוגיות אחרות מלבד שיטת סנגר הקלאסית. אם נדרשת אסטרטגיית רצף מסודרת מבוססת שיבוט 'ידנית' כדי 'לסיים' אזורים חסרים או מעורפלים בגנום, הדבר ישתמש ברובו בשיטת סנגר לקביעת הרצף. לפיכך, הסופר בן זמננו עשוי להשתמש במה שהוא, למעשה, ניגוד מטעה.

*פרד סנגר היה חתן פרס נובל בולט, אז שם משפחתו באותיות גדולות.


ברצף Sanger אנו מפרקים את ה-DNA ומשתמשים ב-ddNTPs על מנת לקבוע את המיקום המדויק של כל נוקלאוטיד.

לא. רצף סנגר לא עושה את זה. התוצאות של תגובת רצף אחת של סנגר היא מחרוזת של נוקלאוטידים, באורך של כ-700-1200 bp. אין בזה שום דבר שמטבעו נותן למיתר הזה מיקום.

"רובה ציד" רק אומר שאינך מנצל כל סוג של מידע מיפוי ידוע כדי למקד את תגובות הרצף שלך; אתה מסדר הכל באופן אקראי, ונותן למחשב לברר מה חופף למה.


צפו בסרטון: הסבר על תחרות רובה זעיר (נוֹבֶמבֶּר 2022).