מֵידָע

מהן הסיבות שהופכות את זיהוי האינטרונים לאי וודאי?

מהן הסיבות שהופכות את זיהוי האינטרונים לאי וודאי?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

נראה שזיהוי רצף אינטרון/אקסון כרוך בחיזוי סטטיסטי שיכול במקרה הטוב לספק ניחוש (עד שיאושר בניסוי) היכן נמצא אתר השחבור.

מהן הסיבות לכך שאין רצפים דטרמיניסטיים (ולא קונצנזוס) המסמנים את אתרי שחבור המיקומים?

כשאני מנסה לענות על זה בעצמי, אני מניח שהברור שאני יכול לראות הוא מבנה הכרומטין, שמקיים אינטראקציה עם האופן שבו RNA פולימראז קורא את גדיל ה-DNA. אולם אם זה המצב, האם הדרך הנוכחית לתאר את ה- DNA כרצף של זוגות בסיס AGCT פגומה מיסודה? אם מבנה הכרומטין הוא בעצם חלק מהתיאור הפונקציונלי של ה-DNA, אז האם נעשים מאמצים כלשהם לתאר זאת?


עכברים עם מחיקה באינטרון הראשון של Col1a1 ג'ין מפתחים גילוי וקורע של אבי העורקים התלויים בגיל

מהמחלקה לביוכימיה רפואית וביולוגיה מולקולרית (OR, IK, EV, RP), מרכז המחקר של רפואה קרדיווסקולרית יישומית ומונעת (OR), והמחלקה לכירורגיה (HH), אוניברסיטת טורקו, פינלנד, קבוצת CIHR במטריקס Dynamics (MS), אוניברסיטת טורונטו, קנדה, והמחלקות לביוכימיה ורפואה (SH, PB), אוניברסיטת וושינגטון, סיאטל, ווש. כתובת נוכחית עבור SGH הוא בית החולים האוניברסיטאי לנוירולוגיה, היידלברג, גרמניה.

מהמחלקה לביוכימיה רפואית וביולוגיה מולקולרית (OR, IK, EV, RP), מרכז המחקר של רפואה קרדיווסקולרית יישומית ומונעת (OR), והמחלקה לכירורגיה (HH), אוניברסיטת טורקו, פינלנד, קבוצת CIHR במטריקס Dynamics (MS), אוניברסיטת טורונטו, קנדה, והמחלקות לביוכימיה ורפואה (SH, PB), אוניברסיטת וושינגטון, סיאטל, וושינגטון. כתובת נוכחית עבור SGH הוא בית החולים האוניברסיטאי לנוירולוגיה, היידלברג, גרמניה.

מהמחלקה לביוכימיה רפואית ולביולוגיה מולקולרית (OR, IK, EV, RP), מרכז המחקר לרפואה קרדיווסקולרית יישומית ומניעה (OR), והמחלקה לכירורגיה (HH), אוניברסיטת טורקו, פינלנד, קבוצת CIHR במטריקס Dynamics (MS), אוניברסיטת טורונטו, קנדה, והמחלקות לביוכימיה ורפואה (SH, PB), אוניברסיטת וושינגטון, סיאטל, ווש. כתובת נוכחית עבור SGH הוא בית החולים האוניברסיטאי לנוירולוגיה, היידלברג, גרמניה.

מהמחלקה לביוכימיה רפואית וביולוגיה מולקולרית (OR, IK, EV, RP), מרכז המחקר של רפואה קרדיווסקולרית יישומית ומונעת (OR), והמחלקה לכירורגיה (HH), אוניברסיטת טורקו, פינלנד, קבוצת CIHR במטריקס Dynamics (MS), אוניברסיטת טורונטו, קנדה, והמחלקות לביוכימיה ורפואה (SH, PB), אוניברסיטת וושינגטון, סיאטל, וושינגטון. כתובת נוכחית עבור SGH הוא בית החולים האוניברסיטאי לנוירולוגיה, היידלברג, גרמניה.

מהמחלקה לביוכימיה רפואית ולביולוגיה מולקולרית (OR, IK, EV, RP), מרכז המחקר לרפואה קרדיווסקולרית יישומית ומניעה (OR), והמחלקה לכירורגיה (HH), אוניברסיטת טורקו, פינלנד, קבוצת CIHR במטריקס Dynamics (MS), אוניברסיטת טורונטו, קנדה, והמחלקות לביוכימיה ורפואה (SH, PB), אוניברסיטת וושינגטון, סיאטל, וושינגטון. כתובת נוכחית עבור SGH הוא בית החולים האוניברסיטאי לנוירולוגיה, היידלברג, גרמניה.

מהמחלקה לביוכימיה רפואית ולביולוגיה מולקולרית (OR, IK, EV, RP), מרכז המחקר לרפואה קרדיווסקולרית יישומית ומניעה (OR), והמחלקה לכירורגיה (HH), אוניברסיטת טורקו, פינלנד, קבוצת CIHR במטריקס Dynamics (MS), אוניברסיטת טורונטו, קנדה, והמחלקות לביוכימיה ורפואה (SH, PB), אוניברסיטת וושינגטון, סיאטל, וושינגטון. כתובת נוכחית עבור SGH הוא בית החולים האוניברסיטאי לנוירולוגיה, היידלברג, גרמניה.

מהמחלקה לביוכימיה רפואית ולביולוגיה מולקולרית (OR, IK, EV, RP), מרכז המחקר לרפואה קרדיווסקולרית יישומית ומניעה (OR), והמחלקה לכירורגיה (HH), אוניברסיטת טורקו, פינלנד, קבוצת CIHR במטריקס Dynamics (MS), אוניברסיטת טורונטו, קנדה, והמחלקות לביוכימיה ורפואה (SH, PB), אוניברסיטת וושינגטון, סיאטל, ווש. כתובת נוכחית עבור SGH הוא בית החולים האוניברסיטאי לנוירולוגיה, היידלברג, גרמניה.

מהמחלקה לביוכימיה רפואית וביולוגיה מולקולרית (OR, IK, EV, RP), מרכז המחקר של רפואה קרדיווסקולרית יישומית ומונעת (OR), והמחלקה לכירורגיה (HH), אוניברסיטת טורקו, פינלנד, קבוצת CIHR במטריקס Dynamics (MS), אוניברסיטת טורונטו, קנדה, והמחלקות לביוכימיה ורפואה (SH, PB), אוניברסיטת וושינגטון, סיאטל, ווש. כתובת נוכחית עבור SGH הוא בית החולים האוניברסיטאי לנוירולוגיה, היידלברג, גרמניה.

אתה צופה בגרסה העדכנית ביותר של מאמר זה. גרסאות קודמות:


שתי השערות מתחרות: אינטרון מוקדם לעומת. אינטרון מאוחר

מגוון חלבונים התעורר באנלוגיה לדשדוש אקסון ביצירת מגוון נוגדנים (ראה ספר הלימוד שלך בביוכימיה או גנטיקה על התבגרות מערכת החיסון).

  • אינטרונים מפרידים בין תחומים מבניים. דוגמה ל-Go-plot נמצאת כאן (מכאן, מחברים אלו מתארים עודף משמעותי של אינטרונים באזורי הקישור המוגדרים דרך חפיפה שלו ב-Go-plot).
  • ב- Isomerase Triose Phosphate נמצא אינטרון במיקום המוצע על ידי Go-plot (כאן). ,. למרות שהוא משמעותי, העודף קטן למדי: 216 מתוך 570, 36 יותר מהצפוי בהתפלגות אקראית). עם זאת, העודף גדול יותר, אם רק מחשיבים חלבונים מרובי דומיינים, מה שמרמז שאלו אכן התפתחו באמצעות דשדוש אקסון (ראה כאן לניתוח עדכני).

אינטרון A - פרמקולוגיה קלינית

כללי

האינטרפרונים הם משפחה של חלבונים קטנים וגליקופרוטאינים הקיימים באופן טבעי, בעלי משקל מולקולרי של כ-15,000 עד 27,600 דלטון המיוצרים ומופרשים על ידי תאים בתגובה לזיהומים ויראליים ולגורמים סינתטיים או ביולוגיים.

פרמקולוגיה פרה-קלינית

אינטרפרונים מפעילים את פעילותם התאית על ידי קשירה לקולטני ממברנה ספציפיים על פני התא. לאחר שהן נקשרות לקרום התא, האינטרפרונים יוזמים רצף מורכב של אירועים תאיים. מחקרים במבחנה הוכיחו כי אלה כוללים אינדוקציה של אנזימים מסוימים, דיכוי התפשטות תאים, פעילויות חיסוניות כגון שיפור הפעילות הפגוציטית של מקרופאגים והגדלת הציטוטוקסיות הספציפית של לימפוציטים לתאי מטרה, ועיכוב של שכפול וירוסים בנגיפים נגועים תאים.

במחקר שעשה שימוש בקו תאי הפטובלסטומה אנושי HB 611, הפעילות האנטי-ויראלית במבחנה של אלפא אינטרפרון הודגמה על ידי עיכוב שכפול של וירוס הפטיטיס B (HBV).

המתאם בין נתונים חוץ-גופיים אלה לבין התוצאות הקליניות אינו ידוע. כל אחת מהפעילויות הללו עשויה לתרום להשפעות הטיפוליות של אינטרפרון.

הפרמקוקינטיקה של INTRON & reg A נחקרה ב -12 מתנדבים בריאים לאחר מינונים בודדים של 5 מיליון IU/m 2 הניתנים תוך שרירית, תת עורית וכאינפוזיה תוך ורידית בתכנון מוצלב.

הריכוזים הממוצעים של Intron A בסרום לאחר זריקות תוך שריריות ותת עוריות היו דומות. ריכוזי הסרום המקסימליים שהושגו בדרכים אלה היו כ-18 עד 116 IU/mL והתרחשו 3 עד 12 שעות לאחר מתן. מחצית החיים של חיסול Intron A בעקבות זריקות תוך-שריריות ותת עוריות הייתה כשעתיים עד שלוש שעות. ריכוז הסרום לא ניתן לגילוי 16 שעות לאחר הזריקות.

לאחר מתן תוך ורידי, ריכוזי Intron A בסרום הגיעו לשיא (135-273 IU/mL) בתום האינפוזיה של 30 דקות, ואז ירדו בקצב מהיר מעט יותר מאשר לאחר מתן תרופה תוך-שרירית או תת עורית, והפכו לבלתי ניתנים לגילוי 4 שעות לאחר האינפוזיה. . זמן מחצית החיים של החיסול היה כשעתיים.

ריכוז שתן Intron A לאחר מנה אחת (5 מיליון IU/m 2) לא ניתן היה לזהות לאחר כל אחד ממסלולי הניהול הפרנטרליים. תוצאה זו הייתה צפויה מאחר ומחקרים ראשוניים עם כליות ארנב מבודדות ומבושפות הראו כי הכליה עשויה להיות האתר העיקרי של קטבוליזם אינטרפרון.

אין נתונים פרמקוקינטיים זמינים לנתיב הניהול התוך פצעוני.

נוגדנים לנטרול סרום

בחולים שטופלו ב- Intron A שנבדקו על פעילות נוגדנים בניסויים קליניים, נוגדנים מנטרלים אנטי-אינטרפרון בסרום התגלו אצל 0% (0/90) מהחולים עם לוקמיה של תאים שעירים, 0.8% (2/260) מהחולים שטופלו תוך-לאומית לקונדילומטיות. acuminata, ו -4% (1/24) מהחולים עם סרקומה הקשורה לאיידס. נוגדנים המנטרלים סרום התגלו אצל פחות מ -3% מהחולים שטופלו במינונים גבוהים יותר של Intron A בממאירים אחרים מלבד לוקמיה של תאים שעירים או סרקומה הקשורה לאיידס. המשמעות הקלינית של הופעת פעילות מנטרלת אנטי-אינטרפרון בסרום בהתוויות אלו אינה ידועה.

נוגדנים מנטרלים אנטי אינטרפרון בסרום התגלו ב -7% (12/168) מהחולים במהלך הטיפול או לאחר סיום טיפול של 12 עד 48 שבועות עם 3 מיליון IU TIW של טיפול Intron A בהפטיטיס C כרונית וב -13% (6/ 48) מהחולים שקיבלו טיפול ב-Intron A עבור הפטיטיס B כרונית ב-5 מיליון IU QD למשך 4 חודשים, וב-3% (1/33) מהחולים שטופלו ב-10 מיליון IU TIW. נוגדנים מנטרלים אנטי אינטרפרון בסרום התגלו ב -9% (5/53) מהחולים שקיבלו טיפול ב- Intron A לטיפול בהפטיטיס B כרונית בכ -6 מיליון IU/m 2 TIW. בקרב כל חולי הפטיטיס B או C כרוניים, ילדים ומבוגרים עם נוגדנים לנטרול סרום הניתנים לגילוי, הטיטרים שהתגלו היו נמוכים (22/24 עם טיטר פחות או שווה ל -1: 40 ו -2/24 עם טיטר פחות או שווה ל -1: 160). הופעת הפעילות המנטרלת אנטי אינטרפרון בסרום לא השפיעה על הבטיחות או היעילות.

לוקמיה של תאי שעיר

בניסויים קליניים בחולים עם לוקמיה של תאים שעירים, היה דיכאון של המטופויזה במהלך החודשיים הראשונים של הטיפול ב- Intron A, וכתוצאה מכך הפחתה במספר כדוריות הדם האדומות והלבנות במחזור הטסיות. לאחר מכן, גם חולים שעברו טחול וגם חולים ללא טחול השיגו שיפורים משמעותיים ומתמשכים ברמות הגרנולוציטים, טסיות הדם וההמוגלובין ב-75% מהחולים שטופלו ולפחות שיפור מסוים (תגובות מינוריות) התרחש ב-90%. טיפול Intron A הביא לירידה בהיפרצולריות של מח העצם ובחדירת תאים שעירים. מדד התאים השעירים (HCI), המייצג את אחוז תאי מוח העצם כפול אחוז חדירת התאים השעירים, היה גבוה או שווה ל -50% בתחילת המחקר ב -87% מהחולים. אחוז החולים עם HCI כזה ירד ל -25% לאחר 6 חודשים ול -14% לאחר שנה. תוצאות אלו מצביעות על כך שלמרות שהתרחש שיפור המטולוגי קודם לכן, ייתכן שיידרש טיפול ממושך באינטרון A בכדי להשיג הפחתה מקסימלית של חדירת תאי הגידול במח העצם.

אחוז המטופלים עם לוקמיה של תאים שעירים שנזקקו לעירויי תאי דם אדומים או טסיות דם ירד משמעותית במהלך הטיפול ואחוז החולים עם זיהומים מאושרים ורציניים ירד ככל שספירת הגרנולוציטים השתפרה. חלק מהמטופלים הפגינו היפוך של הטחול והרמה של ריבוי התפעלות.

נערך מחקר להערכת ההשפעות של טיפול מורחב ב- Intron A על משך התגובה עבור מטופלים שהגיבו לטיפול ראשוני. במחקר זה, 126 מטופלים שהגיבו חולקו באקראי לקבלת טיפול נוסף ב- Intron A למשך 6 חודשים או תצפית לתקופה דומה, לאחר 12 חודשים של טיפול ראשוני ב- Intron A. במהלך תקופה זו של 6 חודשים, 3% (2/66) מהחולים שטופלו ב- Intron A הישנו לעומת 18% (11/60) שלא טופלו. זה מייצג הבדל משמעותי בזמן להישנות לטובת המשך טיפול ב- Intron A (P = 0.006/0.01, Log Rank/Wilcoxon). מאחר שחלק קטן מכלל האוכלוסייה חזר, לא ניתן היה להעריך את הזמן החציוני עד להישנות באף אחת מהקבוצות. דפוס דומה של הישנות נצפה כאשר כל הטיפול האקראי, כולל זה מעבר לשישה חודשים, ונתוני מעקב זמינים הוערכו. 15% (10/66) ההתקפים בקרב חולי Intron A התרחשו על פני פרק זמן ארוך משמעותית מ-40% (24/60) עם תצפית (P =0.0002/0.0001, Log Rank/Wilcoxon). הזמן החציוני להישנות הוערך בשיטת קפלן-מאייר בכ -6.8 חודשים בקבוצת התצפית אך לא ניתן היה לאמוד אותה בקבוצת אינטרון A.

מעקב אחר כך עם זמן חציוני של כ -40 חודשים הוכיח הישרדות כוללת של 87.8%. בקבוצת ביקורת היסטורית דומה שאחריה במשך 24 חודשים, ההישרדות החציונית הכוללת הייתה כ-40%.

מלנומה ממאירה

הבטיחות והיעילות של Intron A הוערכו כעזר לטיפול כירורגי בחולים עם מלנומה שהיו נקיים ממחלה (לאחר ניתוח) אך בסיכון גבוה להישנות מערכתית. אלו כללו מטופלים עם נגעים בעובי ברסלו הגדול מ-4 מ"מ, או מטופלים עם נגעים בעובי ברסלו כלשהו עם מעורבות ראשונית או חוזרת של בלוטות. בניסוי אקראי ומבוקר בקרב 280 חולים, 143 חולים קיבלו טיפול Intron A ב 20 מיליון IU/m 2 תוך ורידי חמש פעמים בשבוע במשך 4 שבועות (שלב אינדוקציה) ואחריו 10 מיליון IU/m 2 תת עורית שלוש פעמים בשבוע במשך 48 שבועות (שלב תחזוקה). בניסוי הקליני, המינון החציוני היומי של Intron A הניתן לחולים היה 19.1 מיליון IU/m 2 במהלך שלב האינדוקציה ו- 9.1 מיליון IU/m 2 במהלך שלב התחזוקה. טיפול Intron A החל פחות או שווה ל -56 ימים לאחר כריתה כירורגית. 137 החולים הנותרים נצפו.

טיפול ב- Intron A הניב עלייה ניכרת בהישרדות ללא הישנות והישרדות הכוללת. חציון הזמן להישנות עבור החולים שטופלו ב-Intron A לעומת חולי תצפית היה 1.72 שנים לעומת 0.98 שנים (P <0.01, ריכבתי Log Rank). שיעור ההישרדות נטול הישנות לחמש שנים, בשיטת קפלן-מאייר, היה 37% לחולים שטופלו ב- Intron A לעומת 26% לחולי תצפית. זמן ההישרדות הכולל החציוני של מטופלים שטופלו ב- Intron A לעומת חולי תצפית היה 3.82 שנים לעומת 2.78 שנים (P = 0.047, דירוג יומן מרובד). שיעור ההישרדות הכולל לחמש שנים, בשיטת קפלן-מאייר, עמד על 46% בקרב מטופלים שטופלו ב- Intron A לעומת 37% בחולי תצפית.

במחקר שני שנערך על 642 חולים עם מלנומה בסיכון גבוה, הנבדקים חולקו באקראי באופן שווה לאחת משלוש קבוצות: טיפול במינון גבוה של אינטרון A למשך שנה אחת (אותו לוח זמנים לעיל), טיפול במינון נמוך של אינטרון A למשך שנתיים (3 MU/d TIW SC), ותצפית. בהתאם לניסוי הקודם, טיפול במינון גבוה של אינטרון A הראה שיפור בהישרדות ללא הישנות (RFS מוערך ל- 3% 48% לעומת 41% חציון RFS 2.4 לעומת 1.6 שנים, P = לא משמעותי). הישרדות ללא הישנות בזרוע Intron A במינון נמוך הייתה דומה לזו שנראתה בזרוע התצפית. טיפול במינון גבוה ולא במינון נמוך ב-Intron A לא הראה יתרון בהישרדות הכוללת בהשוואה לתצפית במחקר זה.

לימפומה פוליקולרית

הבטיחות והיעילות של Intron A בשילוב עם CHVP, משטר כימותרפיה משולב, הוערכה כטיפול ראשוני בחולים עם עומס גידולים אגרסיבי קליני, שלב III/IV פוליקולרית Non-Hodgkin's Lymphoma. נטל גידול גדול הוגדר על ידי נוכחות של כל אחד מהבאים: מסת גידול ניודלית או אקסטרודונאלית עם קוטר גדול מ- 7 ס"מ מעורבות של לפחות שלושה אתרי ניוד (כל אחד בקוטר גדול מ -3 ס"מ) תסמינים מערכיים splenomegaly תפליט זרומי, מעורבות אורביטלית או אפידורלית דחיסה של השופכה או לוקמיה.

בניסוי אקראי ומבוקר, 130 מטופלים קיבלו טיפול ב- CHVP ו -135 חולים קיבלו טיפול ב- CHVP בתוספת טיפול Intron A ב -5 מיליון IU תת עורית שלוש פעמים בשבוע למשך 18 חודשים. כימותרפיה CHVP כללה ציקלופוספמיד 600 מ"ג/מ"ר, דוקסורוביצין 25 מ"ג/מ"ר וטניפוסיד (VM-26) 60 מ"ג/מ"ר, הניתנים תוך ורידי ביום הראשון ופרדניזון במינון יומי של 40 מ"ג/מ"ר הניתן דרך הפה. בימים 1 עד 5. הטיפול כלל שישה מחזורי CHVP הניתנים מדי חודש, ולאחר מכן שישה מחזורים נוספים הניתנים אחת לחודשיים למשך שנה אחת. חולים בשתי קבוצות הטיפול קיבלו בסך הכל 12 מחזורי CHVP במשך 18 חודשים.

לקבוצה שקיבלה את שילוב הטיפול ב- Intron A בתוספת CHVP הייתה הישרדות ארוכה יותר ללא התקדמות (2.9 שנים לעומת 1.5 שנים, P = 0.0001, מבחן דירוג יומן). לאחר חציון מעקב של 6.1 שנים, חציון ההישרדות של מטופלים שטופלו ב- CHVP בלבד היה 5.5 שנים ואילו חציון ההישרדות של מטופלים שטופלו ב- CHVP בתוספת טיפול Intron A לא הושג (P = 0.004, מבחן Log Rank). בשלושה מחקרים נוספים שפורסמו, אקראיים, מבוקרים של הוספת אינטרפרון אלפא למשטרי כימותרפיה משולבים המכילים אנתרצילין, 1-3 הוספת אינטרפרון אלפא הייתה קשורה להישרדות ללא התקדמות ממושכת משמעותית. הבדלים בהישרדות הכוללת לא נצפו באופן עקבי.

Condylomata Acuminata

קונדילומטה אקומינאטה (יבלות מין או איברי מין) קשורות לזיהומים בנגיף הפפילומה האנושי (HPV). הבטיחות והיעילות של Intron A בטיפול ב- condylomata acuminata הוערכו בשלושה ניסויים קליניים כפולי סמיות מבוקרים. במחקרים אלה, מינונים של Intron A של 1 מיליון IU לכל נגע ניתנו תוך נגע שלוש פעמים בשבוע (TIW), בפחות או שווה ל-5 נגעים לחולה במשך 3 שבועות. החולים נצפו עד 16 שבועות לאחר סיום קורס הטיפול המלא.

טיפול ב- Intron A בקונדילומטיות היה יעיל יותר באופן משמעותי מאשר פלסבו, כפי שנמדד על ידי היעלמות הנגעים, ירידה בגודל הנגע ועל ידי שינוי כולל במצב המחלה. מתוך 192 חולים שטופלו ב- Intron A ו -206 מטופלים שטופלו בפלסבו שהעריכו את היעילות שלהם בזמן התגובה הטובה ביותר במהלך המחקר, 42% מחולי Intron A לעומת 17% מחולי הפלסבו חוו ניקוי מכל הנגעים המטופלים. באופן דומה, 24% מחולי Intron A לעומת 8% מחולי פלצבו חוו ירידה ניכרת (75% עד פחות מ-100%) בגודל הנגע, 18% לעומת 9% חוו ירידה מתונה (50% עד 75%) בגודל הנגע, 10 ל-% לעומת 42% הייתה ירידה קלה (פחות מ -50%) בגודל הנגע, ל- 5% לעומת 24% לא היה שינוי בגודל הנגע, ו- 0% לעומת 1% חוו החמרה (P & lt0.001).

באחד ממחקרים אלה, 43% (54/125) מהחולים בהם טופלו מספר נגעים (פחות או שווה ל -3), חוו ניקוי מלא של כל הנגעים המטופלים במהלך המחקר. מתוך חולים אלו, 81% נותרו נקיים 16 שבועות לאחר תחילת הטיפול.

מטופלים שלא השיגו ניקוי מוחלט של כל הנגעים המטופלים טופלו באותם נגעים בקורס טיפול שני. במהלך הטיפול השני, 38% עד 67% מהחולים סילקו מכל הנגעים המטופלים. האחוז הכולל של החולים שניקו את כל הנגעים המטופלים שלהם לאחר שני קורסי טיפול נע בין 57% ל -85%.

נגעים שטופלו ב-Intron A הראו שיפור תוך 2 עד 4 שבועות לאחר תחילת הטיפול במחקר הנ"ל תגובה מקסימלית לטיפול ב-Intron A נצפתה 4 עד 8 שבועות לאחר התחלת הטיפול.

התגובה לטיפול ב-Intron A הייתה טובה יותר בחולים עם קונדילומות לפרקים קצרים יותר מאשר בחולים עם נגעים למשך זמן ארוך יותר.

מחקר אחר כלל 97 מטופלים בהם טופלו שלושה נגעים בזריקה תוך לאומית של 1.5 מיליון IU של אינטרון A לנגע ​​ואחריו יישום מקומי של 25% פודופילין, או יישום מקומי של 25% פודופילין בלבד. הטיפול ניתן פעם בשבוע למשך 3 שבועות. הטיפול המשולב של Intron A ו-podophyllin הוכח כיעיל באופן משמעותי מאשר פודופילין בלבד, כפי שנקבע על פי מספר החולים שהנגעים שלהם התפוגגו. הבדל משמעותי זה בתגובה היה ברור לאחר הטיפול השני (שבוע 3) ונמשך עד 8 שבועות לאחר הטיפול. בזמן התגובה הטובה ביותר של המטופל, ל -67% (33/49) מהחולים שטופלו ב- Intron A ופודופילין היו שלושת הנגעים המטופלים ברורים, בעוד של -42% (20/48) מהחולים שטופלו בפודופילין היו שלושתם נקיים. (P = 0.003).

סרקומה הקשורה לאיידס

הבטיחות והיעילות של Intron A בטיפול ב-Kaposi's Sarcoma (KS), ביטוי שכיח של תסמונת הכשל החיסוני הנרכש (AIDS), הוערכו בניסויים קליניים ב-144 חולים.

במחקר אחד, מינונים של Intron A של 30 מיליון IU/m 2 ניתנו תת עורית שלוש פעמים בשבוע (TIW) לחולים עם KS הקשורים לאיידס. המינונים הותאמו לסבילות המטופל. המינון השבועי הממוצע שנמסר בארבעת השבועות הראשונים עמד על 150 מיליון IU בתום 12 השבועות, ממוצע של 110 מיליון IU/שבוע וב- 24 שבועות בממוצע 75 מיליון IU/שבוע.

ארבעים וארבעה אחוזים מהחולים האסימפטומטיים הגיבו לעומת 7% מהחולים הסימפטומטיים. הזמן החציוני לתגובה היה כחודשיים וחודש בהתאמה לחולים אסימפטומטיים ותסמינים. משך התגובה החציוני היה כ- 3 חודשים וחודש בהתאמה עבור החולים האסימפטומטיים והסימפטומטיים. יחסי T4/T8 בסיסית היו 0.46 למגיבים לעומת 0.33 עבור לא משיבים.

במחקר אחר, מנות Intron A של 35 מיליון IU ניתנו תת עורית, מדי יום (QD), במשך 12 שבועות. טיפול תחזוקה, עם מינון כל יומיים (QOD), נמשך עד שנה אחת בחולים שהשיגו תגובות אנטי -גידולים ואנטי -ויראליות. הזמן החציוני לתגובה היה חודשיים ומשך התגובה החציוני היה 5 חודשים בחולים האסימפטומטיים.

בכל המחקרים, הסבירות לתגובה הייתה הגדולה ביותר בחולים עם מערכת חיסון שלמה יחסית, כפי שהוערכה על ידי ספירת CD4 הבסיסית (ניתנת להחלפה עם ספירת T4). התוצאות במינונים של 30 מיליון IU/m 2 TIW ו- 35 מיליון IU/QD היו דומים תת עורית וניתנים יחד בטבלה 1. טבלה זו מדגימה את הקשר בין התגובה לספירת CD4 בסיסית בחולים אסימפטומטיים וסימפטומטיים ב -30 מיליון IU /m 2 TIW ו-35 מיליון IU/QD קבוצות הטיפול.

בקבוצת המחקר של 30 מיליון IU, 7% (5/72) מהחולים היו מגיבים מלאים ו -22% (16/72) מהחולים היו מגיבים חלקית. במחקר של 35 מיליון IU היו 13% (3/23 חולים) מגיבים מלאים ו-17% (4/23) מגיבים חלקיים.

עבור חולים שקיבלו 30 מיליון IU TIW, זמן ההישרדות החציוני היה ארוך יותר בחולים עם CD4 גדול מ -200 (30.7 חודשים) מאשר בחולים עם CD4 פחות או שווה ל -200 (8.9 חודשים). בקרב המגיבים, זמן ההישרדות החציוני עמד על 22.6 חודשים לעומת 9.7 חודשים במשיבים שאינם מגיבים.

הפטיטיס כרונית C

הבטיחות והיעילות של Intron A בטיפול בהפטיטיס C כרונית הוערכה ב-5 מחקרים קליניים אקראיים שבהם הוערכה מינון של Intron A של 3 מיליון IU שלוש פעמים בשבוע (TIW). שלושת המחקרים הראשונים היו ניסויים מבוקרי פלצבו שהעריכו מהלך טיפול בן 6 חודשים (24 ​​שבועות). בכל אחד משלושת המחקרים, הטיפול ב- Intron A הביא להפחתה של אלנין aminotransferase בסרום (ALT) בקרב חלק גדול יותר של חולים לעומת חולי ביקורת בתום 6 חודשי מינון. במהלך 6 חודשי המעקב, כ -50% מהחולים שהגיבו שמרו על תגובת ALT. ניתוח משולב שהשווה ביופסיות כבד לאחר טיפול ובין טיפול שלאחר הטיפול גילה שיפור היסטולוגי בחלק ניכר באופן סטטיסטי משמעותי מהחולים שטופלו ב- Intron A בהשוואה לבקרות.

שני מחקרים נוספים חקרו משכי טיפול ארוכים יותר (עד 24 חודשים). 5,6 מטופלים בשני המחקרים להערכת משך הטיפול הארוך יותר סבלו מהפטיטיס עם או בלי שחמת בהיעדר מחלת כבד מפושטת. תגובה מלאה לטיפול הוגדרה כנורמליזציה של שתי רמות ALT הסרום במהלך תקופת הטיפול. תגובה מתמשכת הוגדרה כתגובה מלאה בתום תקופת הטיפול, כאשר ערכי ALT תקינים נמשכים לפחות 6 חודשים לאחר הפסקת הטיפול.

במחקר 1, כל החולים טופלו בתחילה ב- Intron A 3 מיליון IU TIW תת עורית למשך 24 שבועות (ריצה-בתקופה). מטופלים שסיימו את תקופת הטיפול הראשונית של 24 שבועות חולקו אז באופן אקראי שלא לקבל טיפול נוסף, או לקבל 3 מיליון IU TIW למשך 48 שבועות נוספים. במחקר 2, מטופלים שעמדו בקריטריוני הכניסה חולקו באופן אקראי לקבל Intron A 3 מיליון IU TIW תת עורית למשך 24 שבועות או לקבל Intron A 3 מיליון IU TIW תת עורית במשך 96 שבועות. בשני המחקרים, המעקב אחר המטופלים היה משתנה ואיסוף נתונים מסוים היה רטרוספקטיבי.

התוצאות מראות כי משך זמן ארוך יותר של טיפול ב- Intron A שיפר את שיעור התגובה המתמשכת (ראה טבלה 2). בחולים עם תגובות מלאות (CR) לטיפול ב-Intron A לאחר 6 חודשי טיפול (149/352 [42%]), התגובות נמשכו לעתים רחוקות יותר אם התרופה הופסקה (21/70 [30%]) מאשר אם היא נמשכה למשך 18 עד 24 חודשים (44/79 [56%]). מבין כל החולים שאקראיים, שיעור התגובה הממושכת בחולים שקיבלו 18 או 24 חודשי טיפול היה 22% ו-26%, בהתאמה, בשני הניסויים. בחולים שלא היו להם CR עד 6 חודשים, טיפול נוסף לא הביא ליותר תגובות באופן משמעותי, שכן כמעט כל החולים שהגיבו לטיפול עשו זאת במהלך 16 השבועות הראשונים של הטיפול.

קבוצת משנה (פחות מ -50%) מהחולים ממחקרי המינון המורחבים המשולבים, ביצעו ביופסיות של הכבד לפני ואחרי הטיפול ב- Intron A. שיפור בפעילות נקרו-דלקתית כפי שהוערכה רטרוספקטיבית על ידי מדדי הפעילות ההיסטולוגית של Knodell (מחקר 1) ו- Scheuer (מחקר 2) נצפה בשני המחקרים. מספר חולים גבוה יותר (58%, 45/78) השתפר עם טיפול ממושך מאשר עם טיפול קצר יותר (6 חודשים) (38%, 34/89) בתת -קבוצה זו.

טיפול משולב עם Intron A ו- REBETOL & reg (ribavirin USP) סיפק הפחתה משמעותית בעומס הווירוולוגי ושיפור בתגובה ההיסטולוגית בקרב חולים מבוגרים עם מחלת כבד מפוצלת שהיו טיפול-נפוץ או שבאו לאחר טיפול עם אלפא אינטרפרון לבד ילדים שטרם טופלו באלפא אינטרפרון חווה תגובה וירולוגית מתמשכת. ראה מידע על רישום REBETOL למידע נוסף.

הפטיטיס B כרונית

הבטיחות והיעילות של Intron A בטיפול בהפטיטיס B כרונית הוערכו בשלושה ניסויים קליניים שבהם מנות אינטרון A של 30 עד 35 מיליון IU בשבוע ניתנו תת עורית (SC), כ-5 מיליון IU מדי יום (QD), או 10 מיליון IU שלוש פעמים בשבוע (TIW) במשך 16 שבועות ללא טיפול. כל החולים היו בני 18 ומעלה עם מחלת כבד מפוצה, והיו להם זיהום כרוני בנגיף הפטיטיס B (HBV) (סרום HBsAg חיובי במשך 6 חודשים לפחות) ושכפול HBV (סרום HBeAg חיובי). המטופלים היו גם חיוביים ל-HBV-DNA בסרום, אינדיקטור נוסף לשכפול HBV, כפי שנמדד במבחן מחקר. 7,8 לכל החולים היו עלייה ברמת אלנין אמינוטרנספראז (ALT) וממצאי ביופסיה של הכבד התואמים את האבחנה של הפטיטיס כרונית. חולים עם נוכחות של נוגדן לנגיף החיסוני האנושי (אנטי HIV) או נוגדן לנגיף הפטיטיס דלתא (אנטי-HDV) בסרום לא נכללו במחקרים.

תגובה וירולוגית לטיפול הוגדרה במחקרים אלה כאובדן של סמנים בסרום של שכפול HBV (HBeAg ו- HBV DNA). פרמטרים משניים של התגובה כללו איבוד HBsAg בסרום, ירידה ב- ALT בסרום ושיפור בהיסטולוגיה של הכבד.

בכל אחד משני מחקרים אקראיים מבוקרים, שיעור גדול יותר באופן משמעותי מהמטופלים שטופלו ב-Intron A הפגינו תגובה וירולוגית בהשוואה למטופלי ביקורת לא מטופלים (ראה טבלה 3). במחקר שלישי ללא קבוצת ביקורת במקביל, נצפה שיעור תגובה דומה לטיפול ב-Intron A. טיפול מוקדם עם פרדניזון, שהוערך בשניים מהמחקרים, לא שיפר את שיעור התגובה ולא סיפק תועלת נוספת.

התגובה לטיפול Intron A הייתה עמידה. אף מטופל שהגיב לטיפול Intron A במינון של 5 מיליון IU QD או 10 מיליון IU TIW חזר במהלך תקופת המעקב, שנעה בין 2 ל -6 חודשים לאחר סיום הטיפול. אובדן HBeAg ו-HBV DNA בסרום נשמר ב-100% מ-19 מטופלים שהגיבו לאחר מעקב במשך 3.5 עד 36 חודשים לאחר סיום הטיפול.

בחלק מהחולים שהגיבו, אובדן HBeAg ואחריו אובדן HBsAg. HBsAg אבדה בקרב 27% (4/15) מהחולים שהגיבו לטיפול Intron A במינון של 5 מיליון IU QD, ו -35% (8/23) מהחולים שהגיבו ל- 10 מיליון IU TIW. אף חולה שליטה שאינו מטופל איבד HBsAg במחקרים אלה.

במחקר מתמשך להערכת העמידות ארוכת הטווח של תגובה וירולוגית, 64 חולים שהגיבו לטיפול ב-Intron A היו במעקב במשך 1.1 עד 6.6 שנים לאחר הטיפול, 95% (61/64) נותרו שליליים בסרום HBeAg, ו-49% (30/ 61) איבד HBsAg בסרום.

טיפול Intron A הביא לנורמליזציה של ALAT בסרום בקרב חלק גדול יותר באופן משמעותי מהחולים שטופלו בהשוואה למטופלים שאינם מטופלים בכל אחד משני מחקרים מבוקרים (ראה טבלה 4). במחקר שלישי ללא קבוצת ביקורת במקביל, נורמליזציה של ALT בסרום נצפתה אצל 50% (12/24) מהחולים שקיבלו טיפול ב- Intron A.

תגובה וירולוגית הייתה קשורה לירידה ב- ALT בסרום לנורמלי או קרוב לנורמלי (פחות או שווה ל -1.5 פעמים מהגבול העליון של הנורמה) ב -87% (13/15) מהחולים שהגיבו לטיפול Intron A ב -5 מיליון IU QD, ו-100% (23/23) מהמטופלים שהגיבו ל-10 מיליון IU TIW.

השיפור בהיסטולוגיה של הכבד הוערך במחקרים 1 ו -3 על ידי השוואה בין טיפול מקדים וביופסיות כבד לאחר טיפול תוך שימוש במדד הפעילות ההיסטולוגית של Knodell Semiquantitative. 9 לא נצפה הבדל מובהק סטטיסטית בהיסטולוגיה של הכבד בחולים שטופלו בהשוואה לחולי ביקורת במחקר 1. למרות שנצפה שיפור היסטולוגי מובהק סטטיסטית מהתחלה בחולים שטופלו במחקר 3 (P & le0.01), לא הייתה קבוצת ביקורת להשוואה. . מבין אותם מטופלים שהפגינו תגובה וירולוגית לאחר טיפול ב-5 מיליון IU QD או 10 מיליון IU TIW, שיפור היסטולוגי נצפה ב-85% (17/20) בהשוואה ל-36% (9/25) מהחולים שלא היו מגיבים וירולוגיים. השיפור ההיסטולוגי נבע בעיקר מירידות בחומרת הנמק, הניוון והדלקת באזורים הפריפורטליים, הלובולריים והפורטליים של הכבד (קנודל קטגוריות I + II + III). המשך השיפור ההיסטולוגי נצפה בארבעה מטופלים שהגיבו שאיבדו HBsAg בסרום ועקבו אחריהם 2 עד 4 שנים לאחר סיום הטיפול ב- Intron A. 10

הבטיחות והיעילות של Intron A בטיפול בהפטיטיס B כרונית הוערכו בניסוי אקראי מבוקר אחד של 149 חולים, החל מגיל שנה עד 17 שנים. שבעים ושניים חולים טופלו ב -3 מיליון IU/m 2 של טיפול Intron A הניתן תת עורית שלוש פעמים בשבוע (TIW) במשך שבוע אחד לאחר מכן הוסלמה המינון ל -6 מיליון IU/m 2 TIW למשך מינימום של 16 שבועות עד 24 שבועות. המינון השבועי המרבי היה 10 מיליון IU TIW. שבעים ושבעה מטופלים לא היו מטופלים. קריטריוני כניסת המחקר והתגובה היו זהים לאלו המתוארים באוכלוסיית החולים המבוגרים.

לחולים שטופלו בטיפול Intron A הייתה תגובה טובה יותר (אובדן HBV DNA ו- HBeAg ב -24 שבועות של מעקב) בהשוואה לבקרות שלא טופלו (24% [17/72] לעומת 10% [8/77] P = 0.05) . 16 מתוך 17 המגיבים שטופלו בטיפול ב-Intron A נותרו HBV DNA ו-HBeAg שליליים והיו בעלי ALT בסרום תקין 12 עד 24 חודשים לאחר השלמת הטיפול. סרום HBsAg הפך שלילי בקרב 7 מתוך 17 מטופלים שהגיבו לטיפול Intron A. אף אחד מחולי הביקורת שהיו להם HBV DNA ותגובת HBeAg לא הפך לשלילי HBsAg. לאחר 24 שבועות של מעקב, נורמליזציה של ALT בסרום הייתה דומה בחולים שטופלו בטיפול ב-Intron A (17%, 12/72) ובחולי ביקורת לא מטופלים (16%, 12/77). לחולים עם DNA HBV בסיסי פחות מ -100 pg/mL היו סיכוי גבוה יותר להגיב לטיפול Intron A מאשר לחולים עם DNA HBV בסיסי גבוה מ -100 pg/mL (35% מול 9%, בהתאמה). לחולים שחלו בצהבת B באמצעות העברה אנכית של האם היו שיעורי תגובה נמוכים יותר מאלו שלקו במחלה באמצעים אחרים (5% לעומת 31%, בהתאמה). לא הייתה עדות לכך שההשפעות על HBV DNA ו-HBeAg הוגבלו לתת-אוכלוסיות ספציפיות על סמך גיל, מין או גזע.

תגובה בלוח 1 לפי ספירת CD4 בסיסית* בחולי KS הקשורים לאיידס
30 מיליון IU/m 2 TIW, SC ו- 35 מיליון IU QD, SC
א -סימפטומטי סימפטומטי
* נתונים עבור CD4 וסיווג אסימפטומטי וסימפטומטי לא היו זמינים עבור כל החולים.
CD4<200 4/14 (29%) 0/19 (0%)
200 & leCD4 & le400 6/12 (50%) 0/5 (0%)
> 58%
CD4 & gt400 5/7 (71%) 0/0 (0%)
טבלה 2 קצב תגובת אלט מתמשך לעומת טיפול תרפיה בחולים כרוניים של הפטיטיס C Intron A 3 מיליון IU TIW
קבוצת טיפול* - מספר מטופלים (%)
מספר המחקר Intron A 3 מיליון IU 24 שבועות של טיפול Intron A 3 מיליון IU 72 או 96 שבועות של טיפול &פגיון הבדל (מורחב &mdash 24 שבועות)
(95% CI) ופגיון
* קבוצות הכוונה לטיפול. &dagger מחקר 1: 72 שבועות של טיפול מחקר 2: 96 שבועות של טיפול. &מרווחי סמך פגיון מותאמים להשוואות מרובות עקב 3 זרועות טיפול במחקר.
תגובת ALT בתום המעקב
1 12/101 (12%) 23/104 (22%) 10% (-3, 24)
2 9/67 (13%) 21/80 (26%) 13% (-4, 30)
לימודים משולבים 21/168 (12.5%) 44/184 (24%) 11.4% (2, 21)
תגובת ALT בתום הטיפול
1 40/101 (40%) 51/104 (49%) --
2 32/67 (48%) 35/80 (44%) --
טבלה 3 תגובה וירולוגית* בחולי הפטיטיס B כרונית
קבוצת טיפול ופגיון - מספר מטופלים (%)
מספר המחקר Intron A 5 מיליון IU QD Intron 10 מיליון IU TIW פקדים לא מטופלים ערך P&Dagger
* איבוד של HBeAg ו-HBV DNA עד 6 חודשים לאחר הטיפול. &פגיון חולים שטופלו מראש בפרדניזון לא מוצגים. & Dagger Intron קבוצת טיפול לעומת שליטה לא מטופלת. חולי ביקורת לא מטופלים שהוערכו לאחר תקופת תצפית של 24 שבועות. תת-קבוצה קיבלה לאחר מכן טיפול ב-Intron A. השוואה ישירה אינה רלוונטית (NA).
1 7 15/38 (39%) -- -- 3/42 (7%) 0.0009
2 -- -- 10/24 (42%) 1/22 (5%) 0.005
3 8 -- -- 24/13&כת (54%) 2/27 (7%) וכת NA&כת
כל הלימודים 15/38 (39%) 23/48 (48%) 6/91 (7%) --
טבלה 4 ALT מגיבה* בחולים כרוניים של הפטיטיס B
קבוצת טיפול - מספר החולים (%)
מספר מחקר Intron A 5 מיליון IU QD Intron A 10 מיליון IU TIW בקרות לא מטופלות ערך P & פגיון
* הפחתת ALT בסרום לנורמה בשישה חודשים לאחר הטיפול. & פגיון Intron קבוצת טיפול לעומת שליטה לא מטופלת. חולי ביקורת מטופלים ללא פגיעות שהוערכו לאחר תקופת תצפית של 24 שבועות. תת-קבוצה קיבלה לאחר מכן טיפול ב-Intron A. השוואה ישירה אינה ישימה (NA).
1 16/38 (42%) -- -- 8/42 (19%) 0.03
2 -- -- 10/24 (42%) 1/22 (5%) 0.0034
3 -- -- 24/12&פגיון (50%) 2/27 (7%) &פגיון NA & Dagger
כל הלימודים 16/38 (42%) 22/48 (46%) 11/91 (12%) --

אנזים עתיק יכול להגביר את כוח הביופסיות הנוזליות לאיתור ועיצוב סרטן

מדענים מפתחים מערך בדיקות רפואיות הנקראות ביופסיות נוזליות שיכולות לזהות במהירות את נוכחותם של סרטן, מחלות זיהומיות ומצבים אחרים רק מדגימת דם קטנה. חוקרים מאוניברסיטת טקסס באוסטין מפתחים כלי חדש לביופסיה נוזלית שיכול בקרוב לספק לרופאים תמונה מלאה יותר של מחלת הפרט, ולשפר את סיכוייו למצוא את הטיפול הטוב ביותר, תוך חיסכון בחולים בכאבים, אי הנוחות והארוך. זמני המתנה הקשורים לביופסיות ניתוחיות.

אלן למבוביץ ', פרופסור במכון לביולוגיה סלולרית ומולקולרית ובמחלקה למדעי הביולוגיה המולקולרית, וצוותו לומדים אנזים עתיק בחיידקים שניתן להשתמש בהם לאיתור פיסות של חומר גנטי שנשפך על ידי סרטן או תאים חולים אחרים לתוך חולה. זרם הדם.

ביופסיות נוזליות רבות הנוכחיות יכולות לזהות DNA בדם אחרות יכולות לזהות RNA, אם כי הן נוטות להחמיץ סמנים ביולוגיים רבים של RNA ולפרש אחרים. אבל האנזים העתיק הזה, שתואר במאמר שפורסם היום בכתב העת תא מולקולרי, מזהה את כל טווח ה- RNA ברמת דיוק גבוהה בהרבה, מה שעוזר להבנת הפרופיל הכללי של מחלה כגון סרטן ומידע ספציפי על פעילותה בחולה מסוים. שיטה משופרת זו יכולה להוות כלי מרכזי לרופאים הרודפים אחר החלום של רפואה מדויקת, או טיפולים המותאמים לאנשים על בסיס הגנטיקה והיסטוריית חייהם, כמו גם ההיבטים הייחודיים למחלותיהם.

במחקר חדש זה, חוקרת הפוסט-דוקטורט ג'ניפר סטאמוס חשפה לראשונה את המבנה המולקולרי של אנזים זה לזיהוי RNA בפעולה, והציעה רמזים כיצד הוא פועל וכיצד ניתן לשפר אותו לשימוש בבדיקות רפואיות.

הן ה- DNA והן ה- RNA נושאים מידע גנטי שימושי להבנת מצב מחלה כגון סרטן. DNA הוא כמו תפריט במסעדה, המכיל את כל המידע על ארוחות מהלקוח יכול לבחור בכל יום נתון, ואילו RNA הוא כמו הזמנת הלקוח - המספרים וסוגי הארוחות הספציפיים המבוקשים בפועל.

"סמנים ביולוגיים של DNA הם סטטיים. הם מספקים מידע על מוטציות שגורמות למחלה, אבל הם לא מספקים מידע על ההשפעה של מוטציות אלה על תהליכים תאיים, שיכולים להיות שונים אצל אנשים שונים", אמר למבוביץ. זו אחת הסיבות שלמוטציה הגורמת לסרטן יכולה להיות השפעה שונה ולהגיב באופן שונה לטיפול, בהתאם לאדם, שיקול מרכזי ברפואה מותאמת אישית.

לעומת זאת, "ניטור RNAs הסלולר מספק תמונת מצב של מה שקורה ברקמה חולה, כגון גידול, בזמן מסוים", אמר למבוביץ."ניתן להשתמש בשיטה כדי לעקוב אחר ההתקדמות היומיומית של המחלה והתגובה לטיפול ולחזות כיצד אנשים שונים עם אותו סרטן יגיבו לטיפולים שונים".

למבוביץ 'צופה ביופסיה נוזלית, בשילוב עם כלים אחרים, תספק לאנשי הבריאות את כל המידע הזה. קבוצת האנזימים שהוא לומד וכי הוא סבור שיכול לעזור להם נקראים TGIRTs (מבוטאים TIE-girts), קיצור של טרנסקריפטים הפוכים intron מסוג קבוצה II intron. TGIRTs מוצאים גדילים של RNA ויוצרים גדילים משלימים של DNA המקודדים את אותו מידע וניתנים לרצף מהיר כדי לספק מידע אבחוני. מכיוון שהם מסוגלים ליצור במדויק עותקי DNA של כמעט כל סוג של RNA מכמויות קטנות מאוד של חומר מוצא, הם היו עושים עבודה טובה יותר בלכידת סמנים ביולוגיים למחלות מכל מה שיש כיום בביופסיה נוזלית מבוססת RNA, על פי למבוביץ.

למבוביץ' וצוותו משתפים פעולה עם רופאים כדי לבדוק ביופסיות נוזליות המבוססות על אנזים TGIRT זה. האחת, במרכז הסרטן של אוניברסיטת טקסס MD Anderson ביוסטון, מתמקדת בסרטן שד דלקתי. אחר, במרכז הרפואי הלאומי סיטי התקווה שליד לוס אנג'לס, מתמקד במיאלומה נפוצה, סוג של סרטן המשפיע על תאים במח העצם. אם יצליחו, ביופסיות נוזליות חדשות אלה יצטרפו לטכניקות אחרות לביופסיה של נוזלים שכבר נמצאות בשימוש, כגון אחת שמזהה בדם של אימהות בהריון הפרעות כרומוזומליות בעובר המתפתח.

TGIRTs הם אנזימים עתיקים המתוארכים לתקופה שבה מידע גנטי נשמר בעיקר ב- RNA אך החיים עברו ל- DNA. ממצא מרכזי נוסף של המחקר היה שאנזימי TGIRT דומים להפליא לאנזימים של נגיפי RNA, שמעתיקים RNA. זה מדגיש את התפקיד האבולוציוני הפוטנציאלי של TGIRTs ואנזימים קרובים אחרים באבולוציה של אורגניזמים של ימינו, המשתמשים ב-DNA לחומר גנטי.

המחבר הנוסף של המחקר הוא אלפרד לנץ, סטודנט לתואר שני במדעי הביולוגיה המולקולרית.

עבודה זו נתמכה על ידי המכונים הלאומיים לבריאות וקרן וולש.

אנזימי TGIRT ושיטות השימוש בהם הם נושא הפטנטים ובקשות הפטנט שקיבלו רישיון מטעם אוניברסיטת טקסס ואוניברסיטת מזרח טנסי סטייט לחברת ספין אוף של אוניברסיטת טקסס, InGex LLC. למבוביץ והאוניברסיטה הם בעלי מניות מיעוט ב- InGex, והאוניברסיטה, למבוביץ 'וחלק מחבריו במעבדה בהווה ובעבר מקבלים תמלוגים ממכירת אנזימים וערכות TGIRT ורישוי קניין רוחני.


תמלול שאילתה לעומת הפניה

מטרתו המקורית של GffCompare הייתה להעריך עד כמה קבוצה של תמלילי "רומן" ("שאילתה") תואמת הערת הפניה. על מנת להעריך נכון את הדיוק והרגישות בעת השוואת שתי מערכות תמלילים, יש להקפיד במיוחד על ערכים "כפולים" או "מיותרים" בתוך כל קבוצה.

GffCompare מנסה לזהות ולהסיר תמלילי כפילויות כאלה, והוא משתמש בהנחות מעט שונות עבור ערכת * הפניה * (זו שניתנת עם האפשרות -r) בהשוואה לסט "שאילתה". GffCompare מחדל כברירת מחדל בעת הערכת יתירות במערך ההפניות מאשר בערכת השאילתות. "מחמירות" זו משפיעה באופן שונה גם על תעתיקי אקסון בודדים (SETs) ועל תמלילים מרובי אקסון (METs):

  • בעת טעינת תמלילי ההתייחסות:
    • SETs (תמלילי אקסון בודדים) נחשבים "כפולים" (כלומר תואמים ומיותרים) אם הקצר יותר הוא כלול במלואו בתוך הגבולות של הגדול יותר ואם הקצר הוא לפחות 80% מהאורך של הגדול יותר
    • METs נחשבים מיותרים אם יש להם שרשרת אינטרונים תואמת מלאה ואם הגבולות של התמליל הקצר יותר הם כלול במלואו בתוך הגבולות של הגדול יותר (לכן האקסונים הסופיים של תמליל אחד שניהם תמיד ארוכים או שווים לאקסונים הסופיים החופפים של השני).
    • מערכות SET נחשבות מיותרות באמצעות הערכת "התאמה" מטושטשת כמו זו:
      • האזור החופף הוא >= 80% מאורך התמליל הגדול יותר OR (>=70% מאורך התמליל הגדול יותר ו>= 80% מאורך התמליל הקצר יותר) הסעיף האחרון נראה קצת מיותר אבל זה ספציפי צ'ק משמש גם במקום אחר ב- gffcompare, כלומר במקרים של "הכלה הפוכה" כאשר רצינו להירגע באופן בו אנו מעריכים "התאמה" עם הפניה כאשר ההפניה קצרה מהשאילתה ואולי "כמעט כלולה" בתוך השאילתה. .

      בגלל הדרכים השונות הללו להערכת "יתירות" בתוך קבוצת תמלילי השאילתות לעומת תמלולי ההתייחסות, ניתן לגלות שהפעלת GffCompare של קבוצת תמלילים לעומת עצמה עלולה להוביל במקרים מסוימים למספרי דיוק שאינם כולם 100% ב קובץ פלט הנתונים הסטטיסטיים, אם לקבוצה הזו יש תמלילים שעשויים להימצא "מיותרים" אחרת כאשר הקובץ נטען כערך "שאילתה" בהשוואה לאותו קובץ נטען כ- התייחסות מַעֲרֶכֶת.

      ניתן לאלץ את GffCompare להשתמש באותם קריטריונים של "יתירות" הן עבור ערכות נתוני שאילתות והן הפניות באמצעות -S אפשרות האוכפת את אותה "בדיקה קפדנית" של בלימת גבולות וכו' עבור מערך הנתונים "שאילתה" כמו עבור מערך נתוני ההפניה.


      יצירת אי ודאות מבוססת שכונה ברשתות החברתיות

      חוסר דיוק, שלמות ודינאמיות קיימים במגוון רחב של יישומי רשת. קשה להכריע ביחס לאי הוודאות בין הצמתים מכיוון שמודלים מסורתיים אינם בעלי משמעות ברשתות לא ודאיות, והמורכבות החישובית הטמונה בבעיות עם אי הוודאות היא תמיד בלתי ניתנת לעימות. במאמר זה אנו לומדים כיצד ללכוד אי וודאות ברשתות על ידי הפיכת סדרת תמונות של רשת לתרשים לא בטוח. מוצעת גם סכימת דגימה חדשה המאפשרת פיתוח של אלגוריתמים יעילים למדידת אי ודאות ברשתות. בהתחשב בהיבטים המעשיים של יחסי שכונות ברשתות אמיתיות, מוצגת מסגרת להפיכת רשת לא ודאית לרשת משוקללת דטרמיניסטית שבה ניתן למדוד את המשקולות בקצוות על ידי אינדקס דמוי ג'קארד. תוצאות ההערכה הניסיונית המקיפות על נתונים אמיתיים מדגימות את האפקטיביות והיעילות של האלגוריתמים שלנו.

      זוהי תצוגה מקדימה של תוכן מנוי, גישה דרך המוסד שלך.


      רקע כללי

      קומפלקס טרשת שחפת (TSC) היא הפרעה אוטוזומלית דומיננטית המאופיינת בהתפתחות המרטומות במגוון איברים ורקמות, כולל המוח, העור והכליות [1]. החדירות גבוהה אך הביטויים הפנוטיפיים של המחלה משתנים. חלק מהאנשים מראים סימנים קלים בלבד למחלה, לפעמים ללא תסמינים ברורים. אחרים נפגעים קשות מגיל צעיר ובמספר אתרים ברחבי הגוף. כשני שלישים מהמקרים הם ספורדיים.

      ב-75 - 90% מהאנשים שנבדקו סווגו כ-TSC מובהק על פי קריטריוני האבחון הקליניים של ועידת הקונצנזוס של 1998 [2], מוטציה באחד TSC1 על כרומוזום 9q34 או TSC2 על כרומוזום 16p13.3 מזוהה [3]. TSC1 ו TSC2 הם גנים מדכאי גידולים המקודדים בהתאמה לחמרן (TSC1 130 kDa) וטוברין (TSC2 200 kDa). TSC1 ו-TSC2 יוצרים קומפלקס חלבוני יציב שבתגובה לאותות תאיים מגוונים, בעיקר גורמי גדילה וזמינות האנרגיה, מסדיר את פעילות היעד המכניסטי של קומפלקס rapamycin (mTOR) 1 (TORC1) [4]. TORC1 הוא מווסת מרכזי של חילוף החומרים בתאים, השולט בסינתזה של חלבון, שומנים ופירימידין ואוטופגיה [5]. הבהרת תפקידו של קומפלקס TSC1-TSC2 באיתות TORC1 סיפקה תובנות חדשות לגבי ביולוגיה בסיסית של התא, ובעיקר עבור חולי TSC, הובילה לפיתוח של טיפולים חדשים ומבטיחים המבוססים על שימוש במעכבי TORC1 ספציפיים כגון rapamycin והמוצרים שלו. נגזרות [6].

      אבחון מוקדם של TSC מקל על ייעוץ גנטי, התערבות טיפולית ומעקב אחר מחלות [1]. עם זאת, השונות הרחבה בפנוטיפ ה-TSC פירושה שביסוס אבחנה קלינית מובהקת של TSC יכולה להיות מאתגרת, במיוחד עבור חולים צעירים. ההמלצה של ועידת ההסכמה הבינלאומית ל- TSC לשנת 2013 הייתה לזהות גורם פתוגני בעליל TSC1 אוֹ TSC2 מוטציה צריכה להספיק כדי לאבחן TSC, גם בהיעדר סימנים קליניים ברורים [1]. למרבה הצער, למרות ההתקדמות המדהימה במחקר TSC בעשור האחרון, בדיקות מולקולריות קונבנציונליות לא מצליחות לזהות פתוגני TSC1 אוֹ TSC2 מוטציה בקרב 10 - 25% מהאנשים עם TSC. מטופלים אלו מכונים בדרך כלל TSC ללא זיהוי מוטציה (NMI) [7].

      בנוסף לכשלים טכניים, ישנן מספר סיבות אפשריות לחוסר היכולת לזהות מוטציות באנשים TSC NMI. ראשית, מוטציות לגנים אחרים שטרם זוהו עלולים לגרום ל-TSC. שנית, שינויים אפיגנטיים חוקתיים, כגון מתילציה של האמרגן הגורמים להשתקת תעתיק [8], עלולים להתרחש. שלישית, ייתכן שלא ניתן לזהות סוגים מסוימים של מוטציות, כגון מוטציות פסיפס ומוטציות באזורים אינטרוניים ורגולטוריים באמצעות בדיקות קונבנציונאליות. פיתוח שיטות רצף מקבילות באופן מאסיבי, מה שנקרא טכנולוגיית הדור הבא (NGS), אפשרה ליישם גישות חדשות לאיתור מוטציות [9], ויש לה פוטנציאל להגדיל את התשואה של מוטציות שזוהו אצל אנשים עם TSC. שיטות לאיתור מוטציות בעלות תשואה גבוהה יסייעו להפחית אי וודאות וחרדה אצל חלקם המשמעותי של אנשים ומשפחות ששיטות האבחון הקיימות עבורן אינן אינפורמטיביות. אסטרטגיות NGS יושמו על אנשים TSC NMI. לדוגמה, בסדרה של 38 אנשים NMI TSC, 2 (6%) מוטציות פסיפס ו -5 (13%) מוטציות הטרוזיגטיות שפספסו בשיטות אחרות לאיתור מוטציות זוהו באמצעות רצף אולטרה עמוק אקסון [10]. מגבלה אחת של גישה זו הייתה שהיא מוגבלת לאקסונים ולרצפים אינטרוניים סמוכים של TSC1 ו TSC2. לא ניתן היה לזהות מוטציות עמוק בתוך אינטרונים או באמרגן וברצפים רגולטוריים אחרים.

      כאן אנו מציגים את תוצאות מחקר פיילוט באמצעות NGS ממוקד לחקר ה- DNA של 7 אנשים עם TSC מובהק, שאושרו קלינית, בהם ניתוח מוטציות קונבנציונאלי נרחב לא הצליח לזהות מוטציה פתוגנית. בנוסף לספק לאנשים אלה ודאות מוגברת לגבי מצב המוטציה שלהם, אי הכללת קיומו של פתוגני TSC1 אוֹ TSC2 מוטציות באנשים אלה יעזרו לזהות קבוצה לזיהוי המשוער TSC3 לוקוס. השתמשנו בשיטת הלכידה הממוקדת של HaloPlex [11]. טכניקה זו מסתמכת על לכידה ספציפית של שברי הגבלה ממוקד העניין ואחריה הגברה ורצף של השברים שנתפסו. ל- Haloplex יש יתרון בעבודה עם קבוצה מוגדרת של שברים, שמפשטת את ניתוח הנתונים [12]. ב -3 אנשים זיהינו ואישרנו א TSC2 מוטציה שהוחמצה, או שלא ניתן היה לגלות אותה, באמצעות גישות סקר מבוססות אקסון. ביחידים הנותרים זיהינו גרסאות חדשות משני TSC1 ו TSC2 לוקוסים. עם זאת, המשמעות הקלינית של גרסאות אלה עדיין אינה ודאית. מחקר הפיילוט שלנו מצביע על כך ש- NGS ממוקד יגדיל את התשואה של TSC1 ו TSC2 מוטציות שזוהו באוכלוסיית חולי TSC.


      מידע תומך

      שולחן S1. רשימה של כל הכלים המשמשים בזרימות העבודה המבניות (S), הפונקציונליות (F) והגנומיקה ההשוואתית (C).

      גרסאות העבודה הנוכחיות של הכלים המוצגות כאן זמינות בכתובת https://github.com/TAMU-CPT/galaxy-tools.

      טבלת S2. הקונצנזוס והנגזרת של רצפי Shine-Dalgarno שהם ברירת המחדל ב- ShineFind.

      כברירת מחדל, כלי ShineFind מחפש בתוך 3–24 נוקלאוטידים במעלה הזרם של קודון התחלה נתון, לאתרי Shine-Dalgarno הארוכים ביותר או הראשונים האפשריים התואמים את הדברים הבאים, החל ב- ה. coli קוֹנסֶנזוּס.

      שולחן S3. רשימת שמות ומזהים נפוצים בשימוש ב-BLAST.

      ניתן להשתמש בכל קטגוריה בנפרד או יחד כדי להגביל ניתוח BLAST על ידי TaxID. שמות נפוצים לפאגים ומספרי הצטרפות ל- NCBI כלולים במאגר הנתונים הפאגוני הקנוני המותאם אישית, שגם הוא מורכב מראש כמסד נתונים של BLAST. שורות מודגשות מכילות את הנציגים הנחקרים היטב של כל מורפוטיפ.

      טבלת S4. קישורים מועילים לזרימת עבודה של CPT Galaxy.

      ניתן לגשת לגרסאות נוכחיות של כל זרימות העבודה שפורסמו בכתובת https://cpt.tamu.edu/galaxy-pub/workflows/list_published.

      טבלת S5. השוואה של ביאורי הגנום של הפאג שבוצעו בשיטות שונות.

      חמישה פאגים, הפאג הקנוני T1 וארבעה שצוינו בעבר ב-CPT, הוערכו עם RASTtk והושוו תכונות. מספר תכונות הגן המפורטות הוא בסך הכל ספירה, שאינה משקפת את האפשרות שנקראו גנים שונים לגמרי, או גנים עם התחלות חלופיות. ספירת החלבונים ההיפותטית נועדה להיות פרוקסי להערה פונקציונלית. מכיוון ש- RASTtk משתמש גם בשם הלא ספציפי "חלבון פאג", מונח זה סוכם בנפרד. בשורת התכונות הנוספות מופיעים גנים והיבטים אחרים של הגנום הפאגיים המזוהים בדרך כלל רק על ידי בדיקה ידנית, ושרק הצינור שלנו מזהה כאן. tmp = חלבון מדידת הקלטת, והמסופים מתייחסים למסופים בלתי תלויים ב- rho שחזה TransTermHP. הציבור יכול לעיין בנתוני הערות שנאספו בכתובת https://cpt.tamu.edu/apollo/jbrowse/.


      AdR עיצב את כל הניסויים, ניתח את הנתונים וכתב את כתב היד.

      דוח מבקר 1

      סקוט רוי, מרכז אלן ווילסון לאקולוגיה מולקולרית ואבולוציה, אוניברסיטת מאסי, פלמרסטון צפון, ניו זילנד. מועמד על ידי אנתוני פול.

      "עמדות אינטרון שמורות במודולי חלבון עתיקים" מאת דה רוז. העיתון נוקט גישה גאונית בניסיון להבחין בין נקודת המבט של האינטרנים המאוחרים והאינטרונים המוקדמים. עדויות רבות קודם לתורת האינטרונים-המוקדמות הסתמכו על הקשר בין עמדות האינטרונים למסגרת הקידוד של הרצף האקסוני האגף, או למבנה התלת-ממדי של החלבון המקביל, ממצאים שקיומם ורלוונטיותם לא תמיד התקבלו על ידי תומכי האינטרונים-מאוחר. בהימנעות מנופים מפוזרים במכרות אלה, דה רוז חוקר חיזוי נוסף של הימצאותם של אינטרונים ב- LUCA – אם אינטרונים היו (בעיקר) נוצרים בימי קדם, עדיף שהם יכנסו לרצפים עתיקים. עם זאת, אני מודאג מאוד מסוגיות מתודולוגיות שונות, ולכן חושד שהתוצאות אינן מעניינות את הדיון.

      תגובת המחבר

      בהתאם להערותיהם של סוקרים אחרים, התמקדתי פחות באפליה בין האינטרונים המאוחרים לאינטרונים מוקדמים, אלא יותר לתמיכה בתיאוריית הגנים של אקסון. דנתי גם בהטיה הפוטנציאלית בתוצאות ובדרך שבה זה נחקר.

      המחבר מציג שלוש קווי ראיות קשורים לאינטרונים לפני LUCA. ראשית, אינטרונים משומרים נוטים להימצא בתחומי חלבון משומרים. שנית, בין רצפים שמורים, אלה המכילים אינטרונים נשמרים יותר (כלומר שימור רצפים משתרע לאורך רצף החלבונים). שלישית, אינטרונים משומרים נמצאים בעיקר בגנים המשותפים לכל שלושת תחומי החיים.

      הסבר חלופי לממצא הראשון, שאינטרונים נוטים להימצא בתחומי חלבון שמורים, הוא שיש הטיה בממצא של אינטרונים 'משמורים'. כאן, אינטרונים משומרים פירושם אותם אינטרונים שחולקים עמדות בין קבוצות אוקריוטיות ברצפים שמורים מאוד (למשל 6 שאריות שנשמרו בדיוק). באופן דומה, תחומים מוגדרים כיום בדרך כלל על ידי שימור רצפים לאורך מרחקים אבולוציוניים ארוכים. לפיכך, ממצא זה מצטמצם ל: אינטרונים ברצפים קצרים שמורים מאוד נמצאים בעדיפות ברצפים ארוכים יותר שמורים מאוד. זה לא מפתיע במיוחד. ללא שליטה שלילית עדינה, קשה להבחין באות של עתיק יומין מעל הטיה פוטנציאלית זו.

      תגובת המחבר

      אני מודע לכך שמציאת אינטרונים משומרים בתחומים משומרים אינו מוכיח מקור קדום, שכן שיטת החיפוש לא יכלה להבחין ישירות בין החדרה מוקדמת בעץ האיקריוטי. עם זאת, תיאוריית הגנים של אקסון מצפה לאינטרונים משומרים במודולים עתיקים והחלק הראשון של המאמר יצא לאיתור אותם אינטרונים פוטנציאליים שנשמרו. בדרך זו היא מהווה אישור להשערה, אם כי לא ניתן לראות בה ראיה. עיצבתי את הניסויים ב תאנים ​ איורים 5 5 ו ​ ו- 6 6 לטפל בנקודה זו (ראה להלן). מהות ההטיה וכיצד זה נחקר נאמר כעת במפורש.

      הממצא השני הוא סקרן, אך אני חושש שאפשר להסביר אותו גם על ידי מגבלות במתודולוגיה. כאן, הממצא המרכזי הוא שרצפים קצרים שמורים מאוד המכילים אינטרונים משומרים נוטים יותר לשכב ברצפים ארוכים שמורים מאוד מאשר אלה שאינם מכילים אינטרונים. בהתחשב בגודל מסד הנתונים של הרצף, סביר שחלק מהשישורים השמורים ביותר יהיו חיובי שווא כלומר שהם לא ישקפו הומולוגיה אמיתית. ההסתברות לחיוב שגוי מופחתת במידה ניכרת על ידי נוכחות של אינטרון שמור (רובם המכריע של רצף מרוכז, רצפי אינטרונים משומר הם ככל הנראה הומולוגיים). לפיכך, מערך המכיל אינטרון משומר עשוי להכיל הרבה פחות תוצאות חיוביות שווא מאשר מערך הבקרה. השיעור החיובי הכוזב הגבוה יותר בקרב קבוצת הבקרה מנבא מידה נמוכה יותר של שימור רצפים, בדיוק כפי שניתן לראות. לפיכך שוב קשה להבחין באות של עתיקות.

      תגובת המחבר

      על מנת לחקור הטיה אפשרית, הניסויים ב איור ​ איור 5 5 תוכננו, אם נוצר מצב בקרה שהשתמש בדיוק באותה מתודולוגיה, אך כעת ללא אינטרון. הוכח שרצפים ללא אינטרון נמצאים לעתים רחוקות יותר בתוך תחום או רצף שמורים. במילים אחרות, אם נלקחת דגימה ממאגר מידע גנומי שבוחר רצפים קצרים ודומים מאוד, הגן שבו הוא נמצא עתיק יותר אם משתף גם אינטרון בין רצפים אלה. זה לא היה צפוי כאשר הרצפים עם אינטרון הם רק קבוצת משנה של קבוצה גדולה יותר עם רצפים שמורים ללא קשר לאינטרון.

      ההנחה שההסתברות לחיוב שווא מופחתת מאוד בנוכחות אינטרון משומר נבדקה למעשה בניסויים. למרות שאינם עדויות למקורות העתיקים, הדבר אכן מחזק את הממצא כי אינטרונים בעמדות דומות בגנים משומרים הם הומולוגיים ויהיו תואמים את תורת הגנים של אקסון..

      הממצא הסופי, לפיו רצפים תואמים המכילים אינטרון נמצאים באופן עדיף על פני תחומי חיים, אינם מובהקים סטטיסטית: חלקן של רצפים המכילים אינטרון בגנים 'עתיקים' (8/19) אינו שונה סטטיסטית מחלקן של רצפים חסרי חבטות (10/51 פ = 0.07 על ידי בדיקת פישר מדויקת). לפיכך, בעוד שההבדל בשברים של גנים עתיקים מרמז, איננו יכולים כרגע להסיק דבר מהממצא הזה. בנוסף, אני חושש שמבחן זה עשוי לסבול גם מבעיות דומות לבעיות שנדונו לעיל.

      תגובת המחבר

      קבוצות אלה כללו רצפים שבהם רק רצף אתרי השחזור תאם (2 × 3 שאריות), אך לא הראו דמיון גנטי משמעותי נוסף. נכון שהערך הזה לא שונה סטטיסטית, וזה מוצג כעת (מצאתי p = 0.053 באמצעות מבחן Student T). עם זאת, היו יותר ממבחן אחד שהצביע על העתיקות: א) דמיון רצף כולל, ב) נציגי מודולי חלבון עתיקים, וג) נציגים של מודולי חלבון המשותפים בין פרוקריוטים וגם לאיקריוטים. למרות שבדיקות אלו אינן יכולות להיחשב עצמאיות באמת, קבוצת הפקדים אכן מעידה על כך שהאינטרונים ממוקמים באופן מועדף ברצפים עתיקים.

      בנוסף, קשה להעריך את השיטות הלא שגרתיות (שימור רצף מלא על פני שברי רצפים קצרים) בהתחשב בהעדר היסטוריה לשיטות כאלה. לא ברור מדוע נבחרו שיטות אלה על פני כלים מסורתיים יותר, שיש בשפע. זה מקשה על פרשנות הנתונים.

      תגובת המחבר

      צירפתי פסקה הדנה בשיטה שבה נעשה שימוש, והוספתי את קבוצת התוצאות של אינטרונים פוטנציאליים שמורים.

      בהנחה של תרחיש 'אקסון של גנים' (דה רוז, 2005), יצאתי לחפש אינטרונים משומרים. הגדרתי אינטררון פוטנציאלי שמור רק על ידי אינטררון משותף ברצף קצר, ללא כל בחירה מראש של סוג הגנים. מכיוון ש- SQL הוא כלי רב עוצמה לחילוץ מידע ספציפי ממקורות נתונים יחסיים גדולים, הדבר הוביל במהירות לאינטרונים שיכולים להיחשב שמורים. מכיוון שהתאמת רצף נעשתה באמצעות אלגוריתם פשוט שהשווה דמיון ברצף, היה קל לשלוט במשתנים ולבצע את הניסויים עם רצפי בקרה כמו ב איור ​ איור 5. 5. אני מאמין שזה אחד היתרונות העיקריים: הדרך הפשוטה של ​​שאילתה מאפשרת לתכנן ניסויים חזויים על ידי שינוי פרמטר אחד בכל פעם ושימוש במצב בקרה.

      שיקול נוסף הוא השימוש במילה 'עתיק'. מילה זו שמורה באופן מסורתי בהקשר של ויכוח האינטרונים לתקופה שקדמה לסטייה של איקריוטים מפרוקריוטים, והבחנה זו הפכה חשובה פי כמה עם העדויות הגוברת לנוכחות אינטרון משמעותית באוקריוטים מוקדמים. אחת הדרכים להבחין בין שני התקופות היא בין 'עתיק' ל'אוקריוטי עתיק/מוקדם '.

      תגובת המחבר

      זוהי הבחנה חשובה והובהרה יותר במאמר. למרות שקשה לעשות הבחנה בין קדום לאוקריוטי קדום/קדום עם הניסויים שהוצגו, הנתונים תואמים למקור הקדום (לפני פיצול פרו/אוקריוטי). עם זאת, אני מניח שאאוקריוטים לא נגזרו מפרוקריוטים, אלא ששניהם חולקים אב קדמון שהגנום שלו היה דמוי איקריוט.

      בעקבות שורה ארוכה של תוצאות קודמות, דה רוז מזהה עמדות אינטרון המשותפות בין קבוצות אוקריוטיות רחבות. ניתוחים סטטיסטיים קודמים של המספרים וההפצות של דפוסים אלה הגיעו למסקנה שרוב ניכר מאלה מייצגים עמדות אבות, מה שמעיד על כך שכבר היו מספרים אינטרונים משמעותיים בזמן ההבדל. בעוד שהקבוצות האיקריוטיות המשמשות כאן (ובמקומות אחרים) אולי לא מאפשרות להסיק נוכחות של אינטרון באב הקדמון האחרון של כל האיקריוטים הקיימים, כעת אנו יכולים להיות בטוחים שכבר היה מספר גדול מאוד של אינטרונים באב הקדמון האחרון של האיקריוטים, שכן הספלאוזוסום חולק באופן נרחב בין האאוקריוטים, ומספר רב של עמדות אינטרון משותפות בין האיקריוטים המסתובבים בשלב מוקדם ואחרים (Slamovits ו- Keeling השנה גיבשו את החוליה האחרונה, והראו שימור של יותר מ- 0.5 אינטרונים לכל גן בין מין שנחפר לבין 'מאוחר יותר מינים שונים, המאשרים את עבודתם של ארצ'יבלד, או'קלי ודוליטל משנת 2002).

      אני מעלה את זה כדי להצביע על שני דברים. ראשית, הוויכוח על תזמון האינטרונים עוסק כעת בשאלה האם קמו אינטרונים באב קדמי אוניברסלי או בין האב הקדמון האאוקריוטי-ארכאי לבין האב הקדמון האיקריוטי האחרון. למרות שממצאים של שימור אינטרונים או תכונות הקשורות לחבורים על פני האיקריוטים מדגישים את העובדה שאינטרונים ישנים מאוד בתוך האיקריוטים, זה לא עוזר לנו להבחין בין עיתוי מוצאם של אינטרונים מפוצלים. שנית, חשוב לציין שהממצאים של מספר רב של אינטרונים באוקריוטים מוקדמים אינם מהווים טרנספורמציה מהותית עבור הדיון המוקדם/מאוחר של האינטרונים. למרות שנוכחות אינטרונים משמעותית מהדהדת עם אינטרונים מוקדם (ואולי כמעט הכרחית למודל), היא אינה סותרת את המודל המאוחר באינטרונים. העיקרון הבסיסי של אינטרונים-מאוחרים הוא שאינטרונים התעוררו לאחר האב הקדמון האוניברסלי המשותף האחרון, ולכן נוכחות אינטרונים באאוקריוטים מוקדמים רק מחדדת את תזמון המקור במודל זה.

      תגובת המחבר

      כתבתי מחדש משפטים המרמזים על סתירה של האינטרונים באיחור. במקום זאת התמקדתי בתוצאות העולות בקנה אחד עם תיאוריית הגנים של אקסון. מאידך גיסא, דפוסי האינטרונים השמורים במודולי חלבון עתיקים, התפלגות פאזה ומתאם לעתיקות הגנים כפי שניתן לראות במאמר זה, עשויים אף הם להקשות על מודל מכניסטי של איחורי אינטרונים, ולכן הוא רלוונטי לדיון..

      אני חושב שהשאלה החשובה ביותר בפענוח מקורות האינטרונים היא האם הוכנסו אינטרונים לגנים מעוצבים, או שהיו בבסיס הגנים עצמם. החדרת אינטרונים ברמת ה-DNA נראית קשה ביותר בהתחשב בעובדה שיש לכרות אינטררון ברמת ה-RNA בצורה מושלמת על מנת להיות פונקציונלי. לא ראיתי מנגנון לאבולוציה הדרגתית של spliceosome והחדרת אינטרונים שיכול לתת מענה להשפעות הכושר השליליות של תרחיש כזה. יתר על כן, מודלים של הכנסת אינטרונים צריכים להסביר כיצד קמו גנים מורכבים מלכתחילה ללא עזרת אקסונים. לכן, כל עוד החידות המכניסטיות לא נפתרו, אני רואה את הוויכוח עדיין פתוח.

      לאור זאת, אנו יכולים לשאול האם בדיקות כמו אלה שנערכו כאן עלולות לשפוך אור על האינטרונים המוקדמים/המאוחרים. נוכחותם של אינטרונים משותפים בגנים אוקריוטיים משותפים אינה שופכת אור על האם האינטרונים הללו מתוארכים לתקופות מוקדמות יותר. גישה אחת אפשרית תהיה השוואת צפיפות האינטרונים בין גן עתיק (אוקריוטי-פרוקריוטי משותף) לבין גנים אוקריוטים עתיקים. עם זאת, גם במקרה זה הבדל לא יהיה תמיכה חותכת באינטרונים עתיקים, מכיוון שמקורם של גנים אוקריוטים רבים מאבותיהם עשוי לאחר התאריך של מקור האיטרונים. וזה משאיר בצד את השיעורים הדיפרנציאליים של אובדן אינטרונים בין גנים, העובדה שגנים שנוצרים על ידי שכפול גנים (ואז מתפוגגים ללא הכר) עשויים לשמור על אינטרונים קדמונים, וקשיים להבחין בין גנים ספציפיים לאיקריוטים מחוסר יכולת של תוכניות כמו BLAST לזיהוי הומולוגיה.

      תגובת המחבר

      גישה אחרת עשויה להיות לפענח תחילה את השלבים המכניסטיים בתיאוריה של אקסון של גנים לבניית גנום, ולאחר מכן להשוות את בניית הגנים האוקריוטים לאלה של הפרוקריוטים ולראות אם הם מורכבים בצורה דומה. מבחינה זו, אתרי הפליטה של ​​פרוטו כפי שהציעו דיב וניומן[49]יכול היה לייצג גם את שרידי שרשור האקסון הקדום (ראה[18]).

      דו"ח מבקר 2

      סנדרו דה סוזה, מכון לודוויג לחקר הסרטן, סאו פאולו, ברזיל. מועמד על ידי Manyuan Long

      אלברט דה רוז פיתח דרך חדשה לזהות עמדות אינטרון שמורות בין טקס מממלכות חיים שונות. במקום לחפש אחר עמדות אינטרון שמורות בגנים הקשורים בידע, דה רוז מחפש "אתרי ספליס" שמורים במאגר נתונים של אינטרונים. ב"אתר שחבור ", הוא מתכוון לקטע של רצף החלבונים (10 שאריות aa) המקיף מיקום אינטרון. הוא נחשב למיקום אינטרוני שנשמר כאשר "אתר הספליז" הזה נשמר (6 מתוך 10 שאריות בחלון זה) בין שני רצפי חלבון הקשורים מרחוק. האסטרטגיה עשויה להיות מעניינת מכיוון שהיא יכולה לזהות מקרים שהחמיצו על ידי גישות אחרות. למרות שאני מכיר במאמצים של המחבר בניסיון להסתכל על בעיה זו באסטרטגיה יצירתית אחרת, מצאתי את כתב היד שקשה לעקוב אחריו וספקולטיבי מאוד עם הנחות רבות שאינן נתמכות על ידי הנתונים. יתר על כן, מכיוון שזוהי אסטרטגיה חדשה, על המחבר לתת פרטים נוספים על המתודולוגיה וכן לספק ניתוחים נוספים עבור מערך הנתונים שלו. אפרט כמה נושאים להלן באופן נקודתי כדי להקל על המחבר להשיב.

      תגובת המחבר

      שיניתי את המאמר כדי להתמקד יותר בנתונים התומכים במקור "מוקדם מאוד" של אינטרונים, אך אינם מוכיחים אינטרונים מוקדם ויכולים כשלעצמו לא להפריך אינטרונים באיחור. המאמר היה חזק מדי בהיבט זה.

      בסך הכל, יש לי בעיות רבות עם הסעיף "מבוא", שבו הרבה הפניות חשובות צוטטו בטעות או התעלמו מהן.

      • לדוגמה, הציטוט המקורי לתיאוריית האינטרונים-מוקדמים ניתן למאמר 86 של גילברט על עולם ה-RNA ולסקירה של גילברט ועמיתיו ב-Cell (גם מ-86). כאן המסמכים שצוטטו צריכים להיות המאמר של Nature 1978 מפורד דוליטל והמאמר "Exon Theory of Genes" מג'ילברט ב-1987, המייצגים בצורה הטובה ביותר את השלבים המוקדמים של תיאוריית האינטרונים-המוקדמים.

      • יתר על כן, התעלמות מוחלטת מהתיאוריה הסינתטית של התפתחות האינטרונים, שפותחה על ידי עצמי, סקוט רוי ו-וולי גילברט.

      • בנקודה מסוימת, המסמכים שצוטטו כראיה למתאם בין מיקומי אינטרונים וגבולות מודול הם בהחלט מיושנים. מאמרים מ-de Souza et al (1996), de Souza et al (1998) ו-Fedorov et al (2001) זכו להתעלמות אך מייצגים בצורה הטובה ביותר את ההיבט הרעיוני שנחקר על ידי המחבר.

      תגובת המחבר

      שיניתי את הפניות ושכתבתי את ההקדמה.

      1) בפסקה האחרונה של פרק "מבוא", כותב המחבר כי הרציונל של כתב יד זה התבסס על ההנחה כי ". אפשר היה לצפות למצוא אינטרונים משומרים במיוחד בחלבונים עתיקים". בדרך המוצגת, זה נשמע שגוי. אינטרון שנשמר בין חולייתנים וחסרי חוליות לא בהכרח נמצא בגן עתיק. אני חושב שהמחבר צריך להיות מפורש יותר באומרו שהשימור הזה צריך להיות עמוק בין ארבע הממלכות שהוא יזכיר אחר כך.

      תגובת המחבר

      כתבתי מחדש את המבוא והמאמרים מתמקדים בזיהוי של אינטרונים עתיקים אפשריים ומאפיינים שלהם.

      2) זה יהיה נחמד לקבל תיאור מפורט יותר של 251 (או 250?) מיקומי האינטרונים השמורים. רשימת התפקידים כולה צריכה להיות זמינה. לא הייתה ברורה גם רמת ההקפדה ששימשה בניתוח. עד כמה שהבנתי די בהתאמה פשוטה הכוללת חלבונים מאדם ומארבידופסיס כדי לסמן את זה כשמור.

      תגובת המחבר

      כללתי את מכלול התוצאות של האינטרונים שעלולים להישמר, כמו גם את הקבוצה הגדולה יותר עם גנים הומולוגיים מאוד שניקו כדי להשיג את 251 האינטרונים העתיקים הפוטנציאליים. הדגל 'המשותף בין ממלכות איקריוטיות גדולות' אכן התבסס על ההתרחשות בצמחים כמו גם בבעלי חיים. על מנת להעפיל עוד יותר ל'שימור ', יש לשמר את רצף אתרי השיתוף ואת מיקום האינטרון, כמו גם להראות הומולוגיה רחוקה יותר מאתר השחבור. החמרה נדונה גם במאמר.

      3) מכיוון שזוהי שיטה חדשה, על המחבר להשוות את מערך הנתונים שלו עם מערכי נתונים אחרים. לדוגמה, מערך הנתונים שדווח על ידי Rogozin וחב' (Curr. Biol 13:1512�, 2003) נותח על ידי מחברים אלה ועל ידי Roy and Gilbert (PNAS 102:1986�, 2005). מערכי הנתונים שונים ככל הנראה שונים. הם צריכים להיות שכן המתודולוגיה שונה אבל המחבר צריך לחקור את ההבדלים האלה. לדוגמה, אני מופתע מהמספר הנמוך של מיקום האינטרון המשומר שזיהה דה רוז. במערך הנתונים שהוזכר לעיל, היו כמעט אלף אינטרונים שנשמרו בין בעלי חיים לבין A. thaliana או P. falciparum.

      תגובת המחבר

      כללתי השוואה בין השיטה השונה שבה נעשה שימוש והתוצאות שהתקבלו בשני המאמרים שהוזכרו. השיטה בה נעשה שימוש במאמר שלי מחמירה למדי באופן שבו היא דורשת דמיון ברצף גבוה באזור קצר. הרעיון הבסיסי של אינטרון קדום, כלומר אינטרון באותו המיקום בתוך רצף דומה שימש, כך שלא רק המיקום, אלא גם רצף אתר החבורות היה צריך להתאים. אני מצפה שחיפוש יותר כמו BLAST עם יישור פערים של חומצות אמינו הומולוגיות יניב אינטרונים יותר משומרים. היקף החלק הראשון של המאמר לא היה לקבל סט ממצה, אלא לאשר שהם קיימים וללמוד כמה מאפיינים.

      4) רבים מהפרשנויות נראות לי די ספקולטיביות ואינן נתמכות בנתונים. לדוגמה, על ידי הסתכלות על כל כך הרבה אינטרונים, צפוי שחלק מההתאמות יתרחשו במקרה. כמה סימולציות שמטרתן לצייר רף למספרים אלה יתקבלו בברכה.

      תגובת המחבר

      כפי שהוזכר במפורש יותר במאמר, קיימת הטייה פוטנציאלית בשיטת החיפוש, אשר נחקרה והוצגה ב- איור ​ איור 5 5 ובתוך איור ​ איור 6 6 אשר נמדד. התוצאות תמכו בהשערה של תיאוריית האקסון, ואני נזהרתי שלא להציע שהן מוכיחות אינטרונים מוקדם. ראה גם דיון של דר. הביקורת של רועי.

      5) הניתוח על התרחשותם של מיקומי אינטרונים משומרים בגנים עתיקים מוצג בצורה מבלבלת. אני ממליץ בחום למחבר לכתוב זאת מחדש. עם זאת, יש לי חששות כבדים לגבי הניתוח. ראשית, נראה כי דה רוז מכנה גן עתיק כאשר יש שימור כלשהו בחלון של 10 שאריות. יש להגדיל את גודל החלון הזה לפחות לגודל הממוצע של תחום חלבון. יתרה מזאת, לא נראה כי נעשה שימוש כאן במסד הנתונים של CDD.

      תגובת המחבר

      כתבתי מחדש את הניתוח. אני קורא לאינטרון עתיק כאשר הוא ממוקם ברצף משומר, כלומר יש דמיון לאתר ספליס (6/10) כמו גם דמיון גנטי כולל כפי שנמדד על פני 20 (2 × 10) חומצות אמינו נוספות, בסה"כ דמיון של לפחות 12/30. בגישתי זה הניב מבחר חזק של גנים משומרים, ורצפי ההתאמה ביותר היו חברים בתחום חלבון משומר וחלקו שלב דומה.

      תגובת המחבר

      לא הייתה הנחה אפריורית של קשר גנטי ומאגר הנתונים של ה- CDD אכן לא שימש לאיתור הסט המשומר, אלא שימש לאישור קדומות הסט. כפי ש איור ​ איור 6 6 מראה, כאשר נעשה שימוש רק בדמיון בין 8/10 לאתר ספליס, רוב הרצפים נשמרו כפי שמוצג על ידי הדמיון ברצף למעלה ולמטה. מוריד את זה ל-6/10 אך דורש 6/20 נוספים (סה"כ 12/30) נבחרים רק גנים משומרים. אפילו עם רק אתר שחבור דומה (2 × 3 זהים) וללא דמיון נוסף, הרצפים היו ב-42.1% גנים משותפים עם פרוקריוטים ו-52.6% היו חברים בדומיין שמור (ראה טקסט).

      6) הפרשנות הנגזרת מהניתוחים על קדמוניות הגנים שזוהו היא מעין מעגלית. כמובן שאם היה נקבע תנאי בשלבים המוקדמים של הצינור כי התאמה תיחשב התאמה רק אם היו מעורבים ממלכות שהתפצלו לפני זמן רב, הייתי מצפה שיעשיר את מערך הנתונים שלי בחלבונים עתיקים.

      תגובת המחבר

      המאמר מורכב משני חלקים. בראשון ניסיתי להשיג קבוצה של אינטרונים משומרים על ידי חיפוש ספציפי. מכיוון שאני מחפש מיקומי אינטרונים דומים בין רצפים שהתפצלו בעץ האיקריוטי, מערך הנתונים יועשר לחלבונים עתיקים. לאחר מכן בדקתי האם העשרה זו נובעת מנוכחותו של אינטרון, או מהותי בלבד מהשיטה הנהוגה. כפי שניתן לראות בבקרות של תאנים ​ איורים 5, 5, ​, 6, 6, ​, 7, 7, הנוכחות של אינטרון עושה את ההבדל הן בשימור הפאזה והן ברצף הכללי. אני מסיק שהעשרת רצפים אלה נובעת מנוכחות האינטרונים, ולא כתוצאה מהשיטה. בתוצאות וגם בסעיף דיון, הבהרתי זאת יותר.

      דוח המבקר 3

      G ásp ár J ékely, המעבדה האירופית לביולוגיה מולקולרית, היידלברג, גרמניה

      מאמר זה מתאר שיטה חדשה לזיהוי עמדות אינטרון נשמרות בטקס אוקריוטי הקשור למרחקים. הוא מבוסס על התבוננות ברצף חלבונים קצר המשתרע סביב אתר שחבור ומציאת רצפים דומים בעלי אינטרון במיקום המקביל, ולאחר מכן הגדרת ויישור אורתולוגים ולאחר מכן מיפוי עמדות אינטרונים על היישור. באמצעות שיטה זו המחבר מזהה 218 אינטרונים עם אותו פאזה באתרים הומולוגיים שכנראה מקורם באבולוציה המוקדמת של האיקריוטים. השיטה חדשה ומעניינת. יש לי כמה הערות כיצד לשפר את ההצגה וניתוח התוצאות.

      1) בעיה אחת היא שההקשר הפילוגנטי אינו מוגדר במפורש. לא מספיק להתייחס לממלכות, במיוחד במקרה של פרוטיסט. אם אינטרון משותף לבעלי חיים, לפטריות (ובנוסף, למשל, לפרוטיסטים מסוג choanoflagellate), זה לא אומר שהוא היה שם באב הקדמון המשותף האוקריוטי. יש לבדוק את ההתפלגות הפילטית של כל אינטרון מזוהה המשותף לשתי ממלכות או יותר מול עץ אוקריוט פשוט אך מושרש כולל המינים הנחקרים (הכי טוב יהיה לקחת עץ מושרש בין יוניקונטס לביקונטס). רק כך יכול המחבר לשחזר באופן מהימן עמדות אינטרון משומרות שככל הנראה היו קיימות כבר באב הקדמון המשותף האיקריוטי האחרון.

      תגובת המחבר

      בהתאם להערותיהם של שאר הסוקרים, החלשתי את המסקנות לגבי עיתוי מוצאם של אינטרונים על סמך התוצאות המוצגות כאן. במקום זאת, המאמר ממוקם יותר כתמיכה נוספת לתורת הגנים של אקסון, על ידי הוכחת אינטרונים משומרים בגנים עתיקים כגון פוספטאזות.

      2) יש להציג את כל האינטרונים המשומרים שזוהו במילה או בגיליון אקסל כמידע משלים.

      תגובת המחבר

      כעת הפכתי את הסט כולו זמין להורדה, כולל קבוצה שעדיין כוללת גנים הומולוגיים (למשל Arac10 ו-Arac13, או gpc2 ו-GapC מייצגים רצפים הומולוגיים מאוד.

      3) "אינטרונים משותפים בתחומי חלבון עתיקים"

      כאשר התוצאות של חיפושי CDD מוצגות, יש להציג אותן יחד עם פקד, רצוי כטבלה או גרף. יש לנקוט משנה זהירות בעת עיצוב מערך בקרה (או סטים). יש לבחור אותו על סמך אותם קריטריונים, כולל התפלגות הפילטית. זה די מסובך, בהתחשב בעובדה ש'ערכת התוצאות' היא הטרוגנית בהקשר זה.הפקד צריך להיות גם בגודל מדגם דומה, ובהתחשב בהטרוגניות ובמדגם הקטן הטוב ביותר יהיה לדגום פקד פעמים רבות באופן עצמאי (למשל להחזיק חמש מערכות בקרה של

      200 רצפים המראים את אותה מידה של דמיון רצף על פני אותו מרחק פילטי כמו 'קבוצת התוצאות'). הבחירה ברצפים שמורים מאוד תגרום כמובן להעשרה של תחומים שמורים. עיצוב הפקדים הוא קריטי לפרשנות נכונה של התוצאות, ויש להסביר אותו בפירוט בטקסט.

      תגובת המחבר

      הוספתי פסקאות המסבירות את השיטה והתוצאות ביתר פירוט. גודל המדגם לא ניתן כראוי וגודל המדגם לבקרה לא נכלל, וזה שונה. התוצאות ב תאנים. ​ איורים.3 3 ו ​ ו- 4 4 אין להם שליטה ישירה, הם מייצגים אינטרונים משומרים פוטנציאליים ומייצגים סט שונה בשימוש תאנים ​ איורים 6 6 ו ​ ו- 7. 7. נבדק האם זו תוצאה של הטיה בשאילתה ומייצגת רק קבוצת משנה של אינטרונים משומרים בגנים משומרים. הניסויים הכמותיים ב תאנים. ​ איורים 6 6 ו ​ ו- 7 7 להראות הטיה פוטנציאלית זו במצב מבוקר, שבו ההבדל היחיד בין הקבוצות הוא נוכחות של אינטרון. המתאם החיובי בין נוכחות של אינטרון לבין קדנציות הרצף נתפס כתמיכה להשערה שהאינטרונים אכן היו עתיקים.

      4) "התרחשות מועדפת של אינטרונים משומרים בגנים עתיקים"

      בניתוח לזיהוי פגיעות פרוקריוטיות, נעשה שימוש רק ברצפים בעלי "מספר שרידי חומצות אמינו זהות של 6 (2 × 3) סביב אתר שחבור (וירטואלי). המשמעות היא 19 רצפים. יש לחזור על הניתוח בצורה הטובה ביותר לכל המערכה (218 רצפים), עם מערך הבקרה המתאים (ראה לעיל).

      תגובת המחבר

      כפי שניתן לראות בגרף של איור ​ איור 6, 6, יש חלון קטן שבו ניתן לראות הבדלים בעתיקות הגנים. דמיון נמוך יותר (2 או 4 שיירים זהים) יבחר בעיקר חיובי-שווא, מספר גבוה יותר יבחר רק רצפים שמורים בשתי הקבוצות. אם כל הסט נלקח, כל אפקט ייעלם ברעש. זה מייצג את אחת הבעיות בניתוח נתוני האינטרונים: בהתחשב באובדן העצום העצום ואולי ברווח במהלך האבולוציה, יחד עם הזזה אפשרית של אינטרונים וגיוון החלבון המתמשך, קשה להבחין באות אות עתיק ברעש זה..

      בעמוד 2 כותב המחבר: "הניבוי החזק ביותר של תרחיש אינטרונים-מוקדם הוא נוכחותם של אינטרונים משומרים בין חלבונים אורתולוגיים שהתפצלו מוקדם בשושלת האיקריוטית." אני לא חושב שזה נכון. אם מקורם של אינטרונים בתחילת האבולוציה האאוקריוטית, אך עדיין מאוחר יותר אז גנים פרוקריוטים, כלומר לא כאבני בניין של הגנים הראשונים שיורכבו, אפשר היה לצפות למצוא גם אינטרונים רבים שנשמרו בין אורתולוגים אוקריוטים.

      תגובת המחבר

      שיניתי את ההקדמה. למרות הצפוי באינטרונים מוקדם, אינטרונים משומרים תואמים לאינטרונים באיחור. כפי שהוזכר כעת במאמר בפסקה האחרונה של הדיון, אני מאמין שהגנום הקדמי של הפרוקריוטים והאיקריוטים היה גנום דמוי אוקריוטי בעל מאפיינים כגון אינטרונים ושרידי ה- RNA (למשל הריבוזום והספליטוזום). מבחינה זו, איקריוטים מוקדמים ועתיקים יהיו שם נרדף.

      עמוד 2/3: "נמצא כי אינטרונים משומרים נמצאים לעתים קרובות ובאופן ספציפי בתחומי חלבון עתיקים" המילה 'ספציפית' חזקה מדי כאן, פירוש הדבר כי אינטרונים משומרים מצויים רק בתחומים עתיקים, מה שאין כן (זה 53%).

      תגובת המחבר

      השתנה ל'מתאם חיובי עם עתיקות הרצף'.

      המילה 'קדומה' משמשת לעתים קרובות כמילה נרדפת ל'שימור 'אבל זה כמובן לא אותו דבר. לְמָשָׁל. עמוד 5 "לפיכך, בהתבסס על תוצאות אלה, נראה כי אינטרונים ממוקמים באופן מועדף לתוך גנים עתיקים, בהתאם לתרחיש של אינטרונים-מוקדם" אלה הם גנים משומרים למדי, אז בהכרח 'עתיקים'.

      תגובת המחבר

      נבדק אם יש אזכורים לא הולמים לעתיקות ומשמרות.

      עמוד 7: "לסיכום, הנתונים המוצגים כאן מצביעים על התרחשות גבוהה של אינטרונים בגנים עתיקים, ואחריהם אובדן עצום של אינטרונים בהמשך האבולוציה." הופעה גבוהה נשמעת חזקה מדי, בסך הכל זוהו 218 אינטרונים. אובדן אינטרונים לא טופל במאמר, זה ידרוש מיפוי התפלגות של אינטרונים שמורים על עץ פילוגנטי.

      תגובת המחבר

      שיניתי את זה. הפרשנות שלי לנתונים, עם נקודת מבט של תיאוריית אקסון, היא שהתחומים העתיקים הכילו אינטרונים רבים שכן נמצאו מרובים בפוספטאזות למשל (איור ​ (איור 4). 4). המספר הנמוך יחסית של האינטרונים השמורים שנמצאו (251) מצביעים על כך שאנשים רבים אבדו במהלך האבולוציה, או שהרצף התבדל ולא נאסף בשיטה הנוכחית. במאמר מוצגות שני סטים. הראשון מורכב מקבוצה של אינטרונים שמורים, המבוסס על הדרישה שכל 6 מתוך 10 שיירים יהיו זהים, הסט השני מורכב מ-5 שאילתות נפרדות שבהן נקבע המיקום המדויק של השאריות הזהות.

      עמוד 7: "תוצאות אלו תומכות ברעיון של אינטרונים קדומים וקשה ליישב אותן עם מקורם של אינטרונים המאוחרים באבולוציה, אם כי לא ניתן להוציא החדרה ישירות לאחר הפיצול האאוקריוט-פרוקריוט בהתבסס על התוצאות הנוכחיות." אני מעדיף לומר שהתוצאות תומכות יפה בנוכחות אבותיהם של אינטרונים באב הקדמון המשותף של האיקריוטות. זה מספיק מעניין, וכל העיתון והדיון היו טובים בהרבה אם המחבר לא ינסה להתווכח חזק מדי על מודל, שאינו נתמך מאוד על ידי הנתונים, אלא לדון במה שניתן להסיק באמת מהתוצאות .

      תגובת המחבר

      שיניתי את ההתמקדות בהבחנה בין אינטרונים-מאוחרים לאינטרונים-מוקדמים (שלא נתמכה היטב על ידי הנתונים שהוצגו) לתמיכה בתיאוריית הגנים של אקסון. הבהרתי יותר, לאור הנתונים של האינטרונים המאוחרים, הנתונים האלה לא יכללו תרחיש באיחור של אינטרונים..