מֵידָע

מבנה משני של חלבון שמרים

מבנה משני של חלבון שמרים


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

יש לי קובץ fasta של שמרים אופים (ממסד הנתונים של SGD) ואני צריך לברר (חזוי) מבנה/סיווג משני עבור כולם (לכן ~6K שאילתות ולעשות זאת ידנית במספר אתרים זמינים אינה אופציה) . האם מסד הנתונים של CATH הוא מקום שיכול לתת לי את המידע הזה? (בינתיים אני מתקשה לשחזר כל דבר שיכול לעזור לי מהאתר אבל אולי אני מפספס משהו), אם לא מהי הדרך/תוכנה הכי טובה לעשות את זה? אין ספק, התחזיות האלה נעשו בעבר ויש מאגר נתונים איפשהו -- שמרים הם יותר מדי אורגניזם חשוב, עם הרבה מידע על הגנום שלו.


מתוך הערות הבנתי שאתה צריך תחזיות בכמויות גדולות. אתה יכול להשתמש במערכת מבוססת API של JPred. הם מאפשרים לך להגיש יותר מ-1000 משרות למשתמש ביום. אתה יכול לעבור על ההוראות צעד אחר צעד מהתיעוד שלהם. זה נראה פשוט!

להיט נוסף שקיבלתי בזמן החיפוש הוא Phyre2. אני בטוח שיש הרבה שרתים כאלה.


בנוסף לתשובתו של דקסטר גיליתי שה-s2D עושה בדיוק מה שאני צריך. ההגדרה עשויה להיות מעט מסובכת והיא בהחלט מעורבת יותר מהגדרת JPred אך השימוש בה קל והפלט הוא בפורמט נחמד יותר.